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Basic Information

The table below details the source and basic information of this item.

Title Content
iBAD ID iBAD_0000319
Karyotype Trisomy 21
Type Methylation profiling by array
Diseases Down syndrome
Organism Homo sapiens
Tissue Blood
Cell Line PBMC
Platform GPL8490
Accession GSE25395
GEO Title Altered DNA Methylation in Leukocytes with Trisomy 21
PMID 21124956
Article Title Altered DNA methylation in leukocytes with trisomy 21
Author Kerkel K, Schupf N, Hatta K, Pang D, Salas M, Kratz A, Minden M, Murty V, Zigman WB, Mayeux RP, Jenkins EC, Torkamani A, Schork NJ, Silverman W, Croy BA, Tycko B
GEO Link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE25395
Pub Link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21124956
FTP Download ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE25nnn/GSE25395/
SRA Run Selector -
SRP -

Differentially Expressed Genes

The gene expression matrix, up- and down-regulated gene list are provided. Click the three following options to download the corresponding list.

Gene ID Gene Name logFC P-value P-adj
RIG -2.00e-01 2.58e-19 7.11e-15
NC_000011.8 VSIG2 -2.16e-01 1.15e-18 1.59e-14
VSIG2 -2.53e-01 2.88e-18 2.65e-14
FUT6 -2.18e-01 3.93e-18 2.71e-14
NC_000022.9 CPT1B 2.68e-01 8.70e-17 4.80e-13
PABPN1 -2.29e-01 3.90e-16 1.75e-12
NC_000012.10 CCDC60 2.43e-01 4.45e-16 1.75e-12
GP5 -2.42e-01 7.32e-16 2.52e-12
IL3 -2.38e-01 1.55e-15 4.76e-12
C20orf54 -2.37e-01 5.56e-15 1.53e-11
IL1A 1.59e-01 7.34e-15 1.84e-11
NC_000004.10 HHIP 1.92e-01 2.67e-14 5.78e-11
GFRA4 1.36e-01 2.72e-14 5.78e-11
HLA-DPA1 2.03e-01 7.33e-14 1.44e-10
C21orf84 -1.91e-01 2.08e-13 3.83e-10
GSTA3 -8.54e-02 4.71e-13 7.78e-10
NC_000007.12 HOXA2 -1.06e-01 4.80e-13 7.78e-10
NC_000009.10 C9orf112 1.35e-01 1.30e-12 1.99e-09
NC_000002.10 GPR75 -1.63e-01 1.55e-12 2.25e-09
NC_000003.10 RIS1 1.63e-01 1.78e-12 2.45e-09
NC_000019.8 CPT1C 1.77e-01 2.14e-12 2.81e-09
NC_000012.10 CCDC60 1.32e-01 3.37e-12 4.22e-09
PPARGC1B 1.72e-01 4.88e-12 5.85e-09
NC_000002.10 GPR75 -1.60e-01 8.01e-12 9.20e-09
FLJ36268 -1.41e-01 1.07e-11 1.18e-08
NC_000016.8 CLDN6 1.50e-01 1.45e-11 1.54e-08
CETP 2.53e-01 1.61e-11 1.64e-08
CD5 1.37e-01 2.33e-11 2.29e-08
NC_000018.8 C18orf34 -1.45e-01 3.36e-11 3.19e-08
NC_000012.10 KCNA1 1.93e-01 4.51e-11 4.15e-08
NC_000019.8 MARK4 1.23e-01 5.00e-11 4.44e-08
NC_000020.9 SLC4A11 2.09e-01 8.87e-11 7.45e-08
LOXL3 -8.65e-02 8.91e-11 7.45e-08
NC_000003.10 SEMA3B 1.62e-01 9.27e-11 7.52e-08
NC_000003.10 LAMB2 -1.58e-01 9.98e-11 7.87e-08
NC_000008.9 FLJ46072 1.78e-01 1.31e-10 1.01e-07
C20orf54 -1.58e-01 1.39e-10 1.04e-07
EDARADD -1.57e-01 1.45e-10 1.05e-07
NC_000010.9 CNNM2 1.41e-01 1.54e-10 1.09e-07
IL17RE -1.22e-01 2.05e-10 1.41e-07
NC_000004.10 EIF4E 1.92e-01 2.30e-10 1.54e-07
HLA-DMA 8.05e-02 2.35e-10 1.54e-07
NC_000021.7 SUMO3 1.86e-01 2.44e-10 1.56e-07
NC_000019.8 MOBKL2A 1.50e-01 2.52e-10 1.58e-07
BTBD5 1.89e-01 2.59e-10 1.59e-07
NC_000023.9 STK23 2.03e-01 3.16e-10 1.90e-07
NC_000012.10 KCNA5 7.12e-02 3.24e-10 1.90e-07
MPHOSPH9 -1.22e-01 3.39e-10 1.95e-07
NC_000010.9 KAZALD1 -1.12e-01 4.37e-10 2.46e-07
BCHE 9.59e-02 5.22e-10 2.84e-07
STRA6 -1.45e-01 5.26e-10 2.84e-07
CIITA 1.26e-01 6.83e-10 3.60e-07
NC_000017.9 PITPNA 1.03e-01 6.91e-10 3.60e-07
NC_000017.9 GCN5L2 -5.63e-02 1.06e-09 5.43e-07
NC_000012.10 RERG 8.19e-02 1.27e-09 6.35e-07
HAMP 1.04e-01 1.30e-09 6.41e-07
NC_000001.9 CD3Z -1.19e-01 1.50e-09 7.18e-07
NC_000001.9 LCE3A 8.27e-02 1.53e-09 7.18e-07
HLA-DPB1 6.78e-02 1.56e-09 7.18e-07
NC_000019.8 CFD 1.27e-01 1.56e-09 7.18e-07
NC_000012.10 MYF6 9.76e-02 1.64e-09 7.43e-07
NC_000011.8 BCL9L 1.84e-01 1.89e-09 8.42e-07
NC_000001.9 MRPL55 1.62e-01 1.98e-09 8.68e-07
NC_000015.8 CHRNA5 -1.69e-01 2.05e-09 8.83e-07
PIK3C2B -8.44e-02 2.10e-09 8.90e-07
NC_000009.10 NPDC1 -1.46e-01 2.25e-09 9.31e-07
NC_000019.8 RAB8A 1.36e-01 2.26e-09 9.31e-07
NC_000021.7 SETD4 8.68e-02 2.37e-09 9.63e-07
PROM2 -8.10e-02 2.60e-09 1.04e-06
BTBD5 2.34e-01 2.78e-09 1.09e-06
OXCT2 1.48e-01 2.93e-09 1.14e-06
NC_000012.10 CALCOCO1 3.90e-02 3.71e-09 1.42e-06
NC_000017.9 LOC201164 2.25e-01 3.88e-09 1.47e-06
TNXB -1.55e-01 3.94e-09 1.47e-06
LILRB2 9.87e-02 4.90e-09 1.80e-06
NC_000019.8 CILP2 1.51e-01 5.02e-09 1.82e-06
FGR -1.02e-01 5.37e-09 1.92e-06
PCDH12 -1.08e-01 5.59e-09 1.98e-06
S100A5 -1.08e-01 6.16e-09 2.15e-06
CACNG4 -1.49e-01 6.94e-09 2.39e-06
AVP 1.11e-01 7.02e-09 2.39e-06
NC_000014.7 KTN1 1.41e-01 7.81e-09 2.63e-06
NC_000003.10 SLC6A11 1.17e-01 8.37e-09 2.78e-06
NC_000014.7 PLEK2 1.04e-01 9.34e-09 3.04e-06
NC_000019.8 FBXO17 1.32e-01 9.37e-09 3.04e-06
FLJ11017 -4.22e-02 9.50e-09 3.05e-06
NC_000012.10 DNAJC14 6.98e-02 1.11e-08 3.53e-06
NC_000001.9 CHD1L 1.12e-01 1.13e-08 3.54e-06
SELP -1.54e-01 1.17e-08 3.59e-06
NC_000002.10 CMKOR1 1.30e-01 1.17e-08 3.59e-06
TCP10L -1.34e-01 1.19e-08 3.61e-06
SPTA1 1.49e-01 1.27e-08 3.82e-06
CCRL2 9.75e-02 1.31e-08 3.86e-06
NC_000004.10 EIF4E 1.69e-01 1.31e-08 3.86e-06
NC_000017.9 HOXB5 1.59e-01 1.33e-08 3.86e-06
NC_000007.12 LOC168850 1.01e-01 1.40e-08 4.01e-06
NC_000020.9 RNPC1 -2.64e-02 1.41e-08 4.01e-06
NC_000020.9 C20orf24 9.30e-02 1.52e-08 4.28e-06
NC_000007.12 PGAM2 1.61e-01 1.58e-08 4.40e-06
NC_000014.7 C14orf162 1.71e-01 1.69e-08 4.66e-06
OFCC1 9.13e-02 1.78e-08 4.85e-06
NC_000019.8 MGC11271 8.37e-02 1.83e-08 4.93e-06
NC_000019.8 HNRPL 7.54e-02 1.84e-08 4.93e-06
AVP 9.46e-02 1.98e-08 5.21e-06
PTGIS 1.51e-01 1.99e-08 5.21e-06
NC_000008.9 FBXO25 9.83e-02 2.01e-08 5.23e-06
MS4A1 1.08e-01 2.11e-08 5.43e-06
NC_000009.10 NTNG2 1.11e-01 2.19e-08 5.60e-06
NC_000007.12 OGDH 8.80e-02 2.27e-08 5.76e-06
APITD1 1.14e-01 2.34e-08 5.86e-06
NC_000010.9 GDF2 2.63e-02 2.50e-08 6.21e-06
PDHX 1.08e-01 2.54e-08 6.25e-06
STRA6 -1.10e-01 3.15e-08 7.68e-06
NC_000007.12 TSGA14 1.14e-01 3.28e-08 7.93e-06
NC_000011.8 TM7SF2 5.71e-02 3.52e-08 8.45e-06
NC_000016.8 ELMO3 9.54e-02 3.61e-08 8.59e-06
NC_000011.8 TAF10 7.99e-02 3.85e-08 9.08e-06
SLC4A1 6.63e-02 4.00e-08 9.35e-06
NC_000008.9 KIFC2 3.00e-02 4.44e-08 1.03e-05
NC_000016.8 ADCY9 9.29e-02 4.69e-08 1.08e-05
NALP12 -7.95e-02 4.79e-08 1.09e-05
ATXN10 8.51e-02 4.84e-08 1.09e-05
NC_000017.9 GRB2 1.05e-01 4.87e-08 1.09e-05
NC_000022.9 BIK 1.25e-01 5.06e-08 1.12e-05
PGAM2 1.65e-01 5.46e-08 1.19e-05
LOC165186 -9.62e-02 5.48e-08 1.19e-05
PTAFR 1.10e-01 5.49e-08 1.19e-05
NC_000023.9 STK23 1.76e-01 5.81e-08 1.25e-05
KATNB1 -7.98e-02 6.31e-08 1.35e-05
NC_000001.9 ACP6 5.63e-02 6.43e-08 1.36e-05
NC_000008.9 GPAA1 2.85e-02 6.99e-08 1.47e-05
NC_000020.9 SRXN1 1.04e-01 7.28e-08 1.52e-05
NTS 8.77e-02 7.35e-08 1.52e-05
NC_000017.9 FLII 8.87e-02 7.46e-08 1.54e-05
NC_000001.9 EIF2B3 1.19e-01 7.87e-08 1.61e-05
HGF -7.67e-02 8.10e-08 1.64e-05
PRSS2 -7.96e-02 8.25e-08 1.66e-05
NC_000007.12 HOXA4 1.57e-01 8.37e-08 1.67e-05
NC_000010.9 NEURL 5.67e-02 9.24e-08 1.81e-05
KRTAP20-1 5.20e-02 9.24e-08 1.81e-05
NC_000004.10 SH3BP2 2.62e-01 9.27e-08 1.81e-05
NC_000003.10 PIGZ 1.40e-01 1.05e-07 2.04e-05
SH3TC1 -8.56e-02 1.07e-07 2.07e-05
CPA6 9.32e-02 1.17e-07 2.23e-05
NC_000017.9 ZPBP2 7.96e-02 1.19e-07 2.26e-05
NC_000017.9 NLGN2 8.42e-02 1.20e-07 2.26e-05
NC_000017.9 C17orf53 8.42e-02 1.26e-07 2.36e-05
NC_000001.9 NAV1 1.87e-01 1.32e-07 2.47e-05
NC_000005.8 GRM6 1.89e-01 1.37e-07 2.54e-05
ACOX2 -6.11e-02 1.40e-07 2.57e-05
CLEC10A -8.79e-02 1.51e-07 2.77e-05
NC_000007.12 ELN 1.94e-01 1.56e-07 2.83e-05
NC_000006.10 MAP3K5 9.77e-02 1.62e-07 2.92e-05
NC_000002.10 ZNF513 9.71e-02 2.02e-07 3.61e-05
NC_000001.9 TFAP2E 1.42e-01 2.34e-07 4.16e-05
NC_000008.9 ZC3H3 1.24e-01 2.38e-07 4.21e-05
POLD4 7.83e-02 2.48e-07 4.35e-05
NC_000017.9 CGI-69 2.14e-02 2.51e-07 4.38e-05
NC_000010.9 ELOVL3 -7.02e-02 2.57e-07 4.45e-05
NC_000012.10 OBFC2B 1.21e-01 2.58e-07 4.45e-05
NC_000002.10 UCN 1.13e-01 2.92e-07 5.00e-05
NC_000019.8 FSTL3 9.52e-02 3.23e-07 5.49e-05
NC_000020.9 C20orf149 7.81e-02 3.32e-07 5.61e-05
AKT3 8.66e-02 3.34e-07 5.61e-05
NC_000007.12 HOXA4 1.43e-01 3.36e-07 5.61e-05
TEK 9.75e-02 3.44e-07 5.72e-05
C10orf27 -7.95e-02 3.53e-07 5.83e-05
NC_000017.9 VPS53 1.19e-01 3.68e-07 6.04e-05
BACE2 1.16e-01 3.94e-07 6.43e-05
NC_000006.10 SLC29A1 6.52e-02 4.43e-07 7.19e-05
HLA-DMB 6.73e-02 4.58e-07 7.38e-05
NC_000015.8 ALDH1A3 1.11e-01 5.00e-07 8.02e-05
NC_000004.10 CTBP1 1.07e-01 5.11e-07 8.15e-05
NC_000019.8 POLD1 7.80e-02 5.23e-07 8.29e-05
NC_000019.8 FLJ37549 7.96e-02 5.34e-07 8.42e-05
C10orf116 -9.50e-02 5.51e-07 8.64e-05
FLJ46365 8.17e-02 5.88e-07 9.14e-05
CHM 9.03e-02 5.90e-07 9.14e-05
NC_000023.9 HPRT1 1.47e-01 6.10e-07 9.39e-05
NC_000010.9 C10orf93 9.03e-02 6.16e-07 9.44e-05
NC_000005.8 GRM6 1.03e-01 6.24e-07 9.51e-05
NC_000003.10 PLOD2 1.47e-01 6.88e-07 1.04e-04
NC_000001.9 C1orf71 1.08e-01 6.90e-07 1.04e-04
NC_000006.10 GPR63 6.85e-02 7.47e-07 1.12e-04
FLJ90579 6.81e-02 7.56e-07 1.13e-04
NC_000008.9 LOXL2 -8.04e-02 8.02e-07 1.19e-04
DLG2 1.16e-01 8.39e-07 1.24e-04
CARD15 -6.23e-02 8.50e-07 1.25e-04
NC_000016.8 HYDIN 1.20e-01 8.70e-07 1.27e-04
NC_000019.8 RSHL1 8.83e-02 9.06e-07 1.32e-04
DKK4 -9.57e-02 9.36e-07 1.35e-04
NC_000010.9 VENTX 1.45e-01 9.53e-07 1.37e-04
NC_000019.8 BST2 -3.60e-02 9.61e-07 1.37e-04
ISLR 5.17e-02 9.66e-07 1.37e-04
NC_000017.9 RAB37 1.01e-01 1.01e-06 1.43e-04
NC_000020.9 NNAT -8.90e-02 1.02e-06 1.44e-04
NC_000019.8 ZNF541 9.39e-02 1.04e-06 1.45e-04
NC_000009.10 ABO 8.66e-02 1.04e-06 1.45e-04
NC_000016.8 CMTM2 4.41e-02 1.05e-06 1.45e-04
NC_000001.9 KCNQ4 -8.01e-02 1.15e-06 1.58e-04
NC_000001.9 HSPA6 9.39e-02 1.16e-06 1.58e-04
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