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Basic Information

The table below details the source and basic information of this item.

Title Content
iBAD ID iBAD_0000310
Karyotype Trisomy 21
Type Methylation profiling by array
Diseases Down syndrome
Organism Homo sapiens
Tissue Others
Cell Line Buccal swab
Platform GPL13534
Accession GSE50586
GEO Title Distinct DNA methylation patterns of cognitive impairment and Trisomy 21 in Down Syndrome
PMID 24373378
Article Title Distinct DNA methylation patterns of cognitive impairment and trisomy 21 in Down syndrome
Author Jones MJ, Farré P, McEwen LM, Macisaac JL, Watt K, Neumann SM, Emberly E, Cynader MS, Virji-Babul N, Kobor MS.
GEO Link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE50586
Pub Link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24373378
FTP Download ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE50nnn/GSE50586/
SRA Run Selector -
SRP -

Differentially Expressed Genes

The gene expression matrix, up- and down-regulated gene list are provided. Click the three following options to download the corresponding list.

Gene ID Gene Name logFC P-value P-adj
NC_000015.9 RAB27A -2.13e-01 4.63e-09 0.000854
NC_000008.10 CHMP7 -2.22e-01 4.97e-09 0.000854
NC_000012.11 ARNTL2 -2.28e-01 5.28e-09 0.000854
NC_000014.8 C14orf109 -3.40e-01 1.17e-08 0.001068
NC_000002.11 GALNT5 2.71e-01 1.34e-08 0.001068
NC_000001.10 EFNA1 2.25e-01 1.85e-08 0.001068
NC_000012.11 IL23A -1.92e-01 1.98e-08 0.001068
NC_000006.11 DDAH2 2.59e-01 3.52e-08 0.00171
NC_000001.10 MAPKAPK2 -2.97e-01 4.47e-08 0.001959
NC_000006.11 DDAH2 1.96e-01 7.14e-08 0.001959
NC_000001.10 DENND2D -3.31e-01 7.56e-08 0.001959
NC_000017.10 DCAKD 1.95e-01 7.64e-08 0.001959
NC_000002.11 ERBB4 -1.35e-01 7.81e-08 0.001959
NC_000020.10 PPP4R1L -4.20e-01 7.93e-08 0.001959
NC_000002.11 CTDSP1 1.38e-01 8.82e-08 0.001959
NC_000005.9 SSBP2 2.39e-01 8.85e-08 0.001959
NC_000005.9 F2RL1 -1.39e-01 9.28e-08 0.001959
NC_000010.10 HTRA1 2.73e-01 1.02e-07 0.001973
NC_000010.10 BICC1 -3.88e-01 1.02e-07 0.001973
NC_000021.8 MCM3APAS 1.20e-01 1.38e-07 0.002371
NC_000001.10 ARHGEF2 -1.60e-01 1.39e-07 0.002371
NC_000001.10 SKI 2.21e-01 1.40e-07 0.002371
NC_000009.11 QSOX2 -2.16e-01 1.48e-07 0.002371
NC_000011.9 CCND1 1.51e-01 1.48e-07 0.002371
NC_000012.11 WNT5B 2.07e-01 1.61e-07 0.002371
NC_000009.11 LOC554202 -3.73e-01 1.70e-07 0.002371
NC_000010.10 HTRA1 2.47e-01 1.78e-07 0.002371
NC_000011.9 ZBTB16 -1.41e-01 1.78e-07 0.002371
NC_000005.9 CARD6 -2.07e-01 1.81e-07 0.002371
NC_000005.9 CD180 1.68e-01 1.83e-07 0.002371
NC_000007.13 ARPC1B -1.24e-01 1.87e-07 0.002371
NC_000012.11 CSRP2 -2.19e-01 1.95e-07 0.002371
NC_000003.11 PLXNB1 2.72e-01 2.18e-07 0.00246
NC_000005.9 F2RL1 -1.59e-01 2.25e-07 0.002487
NC_000006.11 ELOVL5 2.02e-01 2.40e-07 0.002589
NC_000001.10 TNFRSF8 -2.88e-01 2.77e-07 0.002887
NC_000019.9 CYTH2 3.76e-01 2.83e-07 0.002887
NC_000002.11 COL5A2 2.25e-01 2.86e-07 0.002887
NC_000005.9 MGAT1 -1.90e-01 2.91e-07 0.002887
NC_000017.10 RPTOR -3.52e-01 3.20e-07 0.003105
NC_000019.9 C19orf35 -2.85e-01 3.26e-07 0.003105
NC_000003.11 EDEM1 -3.65e-01 3.39e-07 0.003165
NC_000014.8 TDRD9 1.93e-01 3.70e-07 0.00331
NC_000010.10 PAOX -2.62e-01 3.77e-07 0.00331
NC_000005.9 TMEM173 -1.72e-01 3.86e-07 0.00331
NC_000002.11 DIRC3 -3.30e-01 3.94e-07 0.00331
NC_000019.9 C19orf35 -3.20e-01 3.98e-07 0.00331
NC_000002.11 WDR43 -2.98e-01 4.46e-07 0.003493
NC_000006.11 COL12A1 -2.12e-01 4.46e-07 0.003493
NC_000019.9 ELL -1.86e-01 4.66e-07 0.003538
NC_000003.11 PLXNB1 2.21e-01 5.19e-07 0.003818
NC_000010.10 CHST3 1.20e-01 5.42e-07 0.003928
NC_000005.9 SEMA5A 2.55e-01 5.55e-07 0.003966
NC_000019.9 ADAMTS10 2.67e-01 5.74e-07 0.004013
NC_000006.11 DDAH2 3.18e-01 5.78e-07 0.004013
NC_000006.11 DDAH2 2.85e-01 5.92e-07 0.004048
NC_000003.11 SRGAP3 1.90e-01 6.23e-07 0.004092
NC_000006.11 DDAH2 3.00e-01 6.39e-07 0.004092
NC_000006.11 AKAP12 2.20e-01 6.49e-07 0.004092
NC_000011.9 SLC22A18AS -4.31e-01 6.64e-07 0.004092
NC_000006.11 DDAH2 2.33e-01 6.64e-07 0.004092
NC_000010.10 GRK5 -2.54e-01 6.66e-07 0.004092
NC_000012.11 PYROXD1 2.24e-01 6.90e-07 0.00419
NC_000011.9 PPFIBP2 2.01e-01 7.64e-07 0.004416
NC_000002.11 SPEG -1.86e-01 7.75e-07 0.004416
NC_000003.11 GNAI2 -2.43e-01 7.91e-07 0.004416
NC_000003.11 DOCK3 -7.33e-02 8.24e-07 0.004498
NC_000014.8 TDRD9 1.69e-01 8.47e-07 0.004521
NC_000006.11 HIST1H2BK -9.97e-02 8.50e-07 0.004521
NC_000001.10 LAPTM5 -3.16e-01 8.57e-07 0.004521
NC_000010.10 FRMD4A 2.54e-01 9.02e-07 0.004657
NC_000002.11 BRE 2.60e-01 9.12e-07 0.00466
NC_000012.11 IL23A -1.26e-01 9.71e-07 0.00487
NC_000008.10 DENND3 -2.24e-01 9.94e-07 0.00487
NC_000017.10 SLC38A10 1.40e-01 1.01e-06 0.00487
NC_000023.10 DOCK11 -2.71e-01 1.03e-06 0.00487
NC_000002.11 SPATS2L 1.65e-01 1.03e-06 0.00487
NC_000007.13 CCM2 -2.46e-01 1.03e-06 0.00487
NC_000019.9 CCDC106 1.14e-01 1.05e-06 0.00487
NC_000004.11 ACSL1 -4.00e-01 1.06e-06 0.00487
NC_000010.10 CUGBP2 2.85e-01 1.07e-06 0.00487
NC_000019.9 AZU1 -1.51e-01 1.07e-06 0.00487
NC_000012.11 ARNTL2 -2.91e-01 1.07e-06 0.00487
NC_000014.8 CDC42BPB 1.17e-01 1.11e-06 0.004955
NC_000001.10 SH2D2A -1.86e-01 1.13e-06 0.004955
NC_000008.10 KIF13B -1.08e-01 1.15e-06 0.004955
NC_000023.10 MAMLD1 -1.53e-01 1.15e-06 0.004955
NC_000012.11 SH2B3 -1.31e-01 1.15e-06 0.004955
NC_000008.10 RBPMS 1.54e-01 1.18e-06 0.004968
NC_000017.10 RPTOR -3.96e-01 1.19e-06 0.004968
NC_000019.9 C19orf35 -2.57e-01 1.20e-06 0.004968
NC_000002.11 SPATS2L 2.52e-01 1.22e-06 0.004968
NC_000003.11 ALS2CL -1.56e-01 1.22e-06 0.004968
NC_000005.9 MGAT1 -1.71e-01 1.24e-06 0.004968
NC_000006.11 STK19 2.27e-01 1.12e-06 0.004955
NC_000021.8 MX2 -2.97e-01 1.28e-06 0.005109
NC_000016.9 DCUN1D3 1.95e-01 1.30e-06 0.005147
NC_000011.9 SLC15A3 -3.23e-01 1.36e-06 0.005268
NC_000017.10 BAIAP2 1.95e-01 1.37e-06 0.005268
NC_000012.11 NAB2 1.37e-01 1.39e-06 0.005322
NC_000002.11 SAP130 2.59e-01 1.56e-06 0.005546
NC_000003.11 ST3GAL6 -3.24e-01 1.57e-06 0.005546
NC_000019.9 ADAMTS10 3.19e-01 1.57e-06 0.005546
NC_000016.9 DCUN1D3 2.73e-01 1.64e-06 0.005681
NC_000002.11 RBM44 1.62e-01 1.65e-06 0.005681
NC_000013.10 TNFSF13B -2.43e-01 1.75e-06 0.005982
NC_000007.13 DDX56 3.55e-01 1.77e-06 0.005982
NC_000008.10 PVT1 2.28e-01 1.77e-06 0.005982
NC_000005.9 CSF2 -3.11e-01 1.79e-06 0.006001
NC_000017.10 ACACA 2.34e-01 1.83e-06 0.00607
NC_000008.10 KIAA0146 2.87e-01 1.87e-06 0.006099
NC_000006.11 LY6G6E 2.42e-01 1.88e-06 0.006099
NC_000003.11 NBEAL2 -2.98e-01 1.88e-06 0.006099
NC_000011.9 FKBP2 -2.88e-01 1.88e-06 0.006099
NC_000007.13 CCDC129 3.21e-01 1.91e-06 0.006107
NC_000019.9 GNG7 -1.79e-01 1.91e-06 0.006107
NC_000020.10 CDH22 -1.80e-01 1.97e-06 0.006192
NC_000010.10 ACTA2 2.64e-01 2.00e-06 0.006192
NC_000006.11 DDAH2 1.42e-01 2.03e-06 0.006192
NC_000016.9 USP31 2.09e-01 2.04e-06 0.006192
NC_000018.9 PMAIP1 -1.47e-01 2.05e-06 0.006192
NC_000005.9 ANXA6 -1.83e-01 2.06e-06 0.006192
NC_000013.10 HNRNPA1L2 2.16e-01 2.08e-06 0.006192
NC_000016.9 CIITA -1.33e-01 2.09e-06 0.006192
NC_000016.9 SNX29 2.17e-01 2.11e-06 0.006192
NC_000017.10 TIMP2 2.99e-01 2.12e-06 0.006192
NC_000001.10 EFNA1 2.31e-01 2.15e-06 0.006265
NC_000001.10 SPOCD1 -1.79e-01 2.20e-06 0.006347
NC_000008.10 SFRP1 1.65e-01 2.23e-06 0.006347
NC_000001.10 PGBD5 8.80e-02 2.26e-06 0.006369
NC_000019.9 GNG7 -2.74e-01 2.29e-06 0.006432
NC_000017.10 ERBB2 1.46e-01 2.42e-06 0.006643
NC_000002.11 WDR43 -2.94e-01 2.44e-06 0.006643
NC_000003.11 TM4SF4 2.19e-01 2.55e-06 0.006775
NC_000002.11 BAZ2B 3.44e-01 2.57e-06 0.006775
NC_000001.10 TNFRSF8 -3.02e-01 2.58e-06 0.006775
NC_000003.11 ID2B 2.29e-01 2.62e-06 0.006846
NC_000010.10 ACTA2 1.96e-01 2.72e-06 0.006895
NC_000010.10 ACTA2 2.15e-01 2.73e-06 0.006895
NC_000017.10 CD300E -3.11e-01 2.74e-06 0.006895
NC_000020.10 PAX1 -1.56e-01 2.75e-06 0.006895
NC_000003.11 CCDC36 8.25e-02 2.76e-06 0.006895
NC_000014.8 TRAF3 1.43e-01 2.77e-06 0.006895
NC_000019.9 LYL1 -1.76e-01 2.89e-06 0.006936
NC_000020.10 UCKL1 -4.65e-01 2.90e-06 0.006936
NC_000002.11 DLX2 -2.75e-01 2.91e-06 0.006936
NC_000022.10 BCR -1.69e-01 2.92e-06 0.006936
NC_000006.11 C6orf136 1.22e-01 2.93e-06 0.006936
NC_000007.13 LAMB1 1.56e-01 2.94e-06 0.006936
NC_000008.10 KCNV1 2.20e-01 2.94e-06 0.006936
NC_000004.11 IGFBP7 -2.32e-01 2.98e-06 0.006982
NC_000007.13 AGK 2.23e-01 3.02e-06 0.007012
NC_000007.13 CCM2 -1.70e-01 3.08e-06 0.0071
NC_000014.8 MAPK1IP1L 1.21e-01 3.09e-06 0.0071
NC_000010.10 PWWP2B 2.21e-01 3.12e-06 0.007137
NC_000009.11 MIR23B 2.37e-01 3.14e-06 0.007157
NC_000022.10 CYTH4 -9.18e-02 3.27e-06 0.007377
NC_000002.11 PXDN -1.88e-01 3.28e-06 0.007377
NC_000011.9 SLC22A18AS -3.45e-01 3.30e-06 0.007377
NC_000006.11 NRM 1.14e-01 3.41e-06 0.007476
NC_000003.11 PLXNB1 2.27e-01 3.45e-06 0.007476
NC_000006.11 CCDC90A 1.73e-01 3.47e-06 0.007476
NC_000019.9 PODNL1 -1.64e-01 3.47e-06 0.007476
NC_000012.11 C3AR1 -1.89e-01 3.48e-06 0.007476
NC_000017.10 MYO15B -1.75e-01 3.53e-06 0.007533
NC_000004.11 C4orf22 1.70e-01 3.54e-06 0.007533
NC_000019.9 FFAR2 -2.08e-01 3.55e-06 0.007533
NC_000019.9 MZF1 2.81e-01 3.65e-06 0.007676
NC_000008.10 EIF2C2 2.00e-01 3.66e-06 0.007676
NC_000004.11 SCLT1 3.14e-01 3.68e-06 0.007676
NC_000003.11 GXYLT2 -3.10e-01 3.74e-06 0.00775
NC_000011.9 PACS1 1.14e-01 3.75e-06 0.00775
NC_000008.10 LRRC14 2.89e-01 3.78e-06 0.007767
NC_000013.10 TNFSF13B -2.53e-01 3.88e-06 0.007917
NC_000017.10 RPTOR -3.05e-01 3.88e-06 0.007917
NC_000019.9 C19orf35 -1.64e-01 3.96e-06 0.008051
NC_000014.8 TDRD9 1.65e-01 4.01e-06 0.008105
NC_000012.11 EP400NL 1.13e-01 4.03e-06 0.008105
NC_000016.9 E4F1 7.40e-02 4.05e-06 0.008105
NC_000002.11 SGPP2 -2.09e-01 4.19e-06 0.008277
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