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Basic Information

The table below details the source and basic information of this item.

Title Content
iBAD ID iBAD_0000300
Karyotype Trisomy 21
Type Methylation profiling by array
Diseases Down syndrome
Organism Homo sapiens
Tissue Brain
Cell Line Cerebellum
Platform GPL13534
Accession GSE63347
GEO Title DNA methylation profiles of brain samples from Down Syndrome subjects and controls.
PMID 25678027
Article Title Accelerated epigenetic aging in Down syndrome
Author Horvath S, Garagnani P, Bacalini MG, Pirazzini C, Salvioli S, Gentilini D, Di Blasio AM, Giuliani C, Tung S, Vinters HV, Franceschi C
GEO Link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE63347
Pub Link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25678027
FTP Download ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE63nnn/GSE63347/
SRA Run Selector -
SRP -

Differentially Expressed Genes

The gene expression matrix, up- and down-regulated gene list are provided. Click the three following options to download the corresponding list.

Gene ID Gene Name logFC P-value P-adj
NC_000019.9 SF3A2 -3.15e-01 2.37e-11 0.00000864
NC_000019.9 JSRP1 5.57e-01 4.22e-11 0.00000864
NC_000019.9 JSRP1 3.75e-01 2.21e-10 0.00002145
NC_000019.9 SF3A2 -4.13e-01 3.27e-10 0.00002649
NC_000019.9 NCCRP1 2.25e-01 5.55e-10 0.00002711
NC_000019.9 TNNT1 2.36e-01 5.58e-10 0.00002711
NC_000019.9 JSRP1 4.15e-01 7.69e-10 0.00003069
NC_000001.10 EFNA3 -2.59e-01 8.22e-10 0.00003069
NC_000019.9 NKPD1 3.34e-01 1.06e-09 0.00003511
NC_000001.10 FGR 2.27e-01 1.16e-09 0.00003511
NC_000010.10 VENTX 2.53e-01 1.79e-09 0.00004441
NC_000001.10 MIR200B 2.70e-01 1.84e-09 0.00004441
NC_000016.9 ZG16B 2.33e-01 2.35e-09 0.00004954
NC_000010.10 CHAT 3.03e-01 4.05e-09 0.0000704
NC_000016.9 C1QTNF8 2.92e-01 4.31e-09 0.0000704
NC_000019.9 JSRP1 3.03e-01 4.63e-09 0.0000704
NC_000016.9 C1QTNF8 3.82e-01 5.00e-09 0.00007362
NC_000016.9 PRSS33 4.96e-01 5.45e-09 0.00007788
NC_000001.10 EPHA10 4.36e-01 6.47e-09 0.00008666
NC_000001.10 LMX1A 1.53e-01 6.89e-09 0.00008666
NC_000007.13 ACHE 3.66e-01 6.98e-09 0.00008666
NC_000002.11 TNS1 1.47e-01 6.99e-09 0.00008666
NC_000003.11 PTPN23 -1.29e-01 7.14e-09 0.00008666
NC_000012.11 HNF1A 1.70e-01 7.98e-09 0.00009221
NC_000019.9 AMH 3.25e-01 8.62e-09 0.00009445
NC_000007.13 GAL3ST4 2.03e-01 8.89e-09 0.00009445
NC_000011.9 ACTN3 2.27e-01 8.95e-09 0.00009445
NC_000016.9 PRSS33 2.45e-01 9.49e-09 0.00009632
NC_000019.9 SF3A2 -3.48e-01 9.52e-09 0.00009632
NC_000022.10 MAFF 9.88e-02 1.12e-08 0.00010914
NC_000019.9 JSRP1 4.19e-01 1.15e-08 0.00010945
NC_000002.11 MAP1D -1.56e-01 1.19e-08 0.00011147
NC_000019.9 JSRP1 2.18e-01 1.35e-08 0.00011713
NC_000010.10 CHAT 3.04e-01 1.39e-08 0.00011713
NC_000017.10 PMP22 2.61e-01 1.40e-08 0.00011713
NC_000019.9 MAG 2.36e-01 1.52e-08 0.00011912
NC_000001.10 ZMYM4 1.92e-01 1.54e-08 0.00011912
NC_000016.9 C16orf54 1.99e-01 1.58e-08 0.00011912
NC_000001.10 AGRN 2.74e-01 1.60e-08 0.00011912
NC_000006.11 C6orf145 2.03e-01 1.65e-08 0.00011912
NC_000012.11 CHST11 3.46e-01 1.70e-08 0.00011941
NC_000001.10 PIK3CD 2.01e-01 1.73e-08 0.00011941
NC_000022.10 TBX1 1.15e-01 1.75e-08 0.00011941
NC_000001.10 S100A3 1.38e-01 1.79e-08 0.00012044
NC_000016.9 BAIAP3 2.37e-01 1.96e-08 0.00012679
NC_000001.10 TINAGL1 3.92e-01 2.09e-08 0.00012854
NC_000019.9 FXYD7 2.23e-01 2.10e-08 0.00012854
NC_000004.11 RASSF6 2.14e-01 2.12e-08 0.00012854
NC_000012.11 CDK2AP1 3.16e-01 2.13e-08 0.00012854
NC_000010.10 SLIT1 2.36e-01 2.17e-08 0.00012854
NC_000011.9 TBC1D10C 1.73e-01 2.23e-08 0.00013061
NC_000001.10 KNCN 1.94e-01 2.33e-08 0.00013447
NC_000005.9 HMHB1 9.08e-02 2.37e-08 0.00013513
NC_000001.10 TMEM88B 2.75e-01 2.44e-08 0.00013785
NC_000016.9 HBM 1.49e-01 2.60e-08 0.00014354
NC_000022.10 CPT1B 4.70e-01 2.74e-08 0.00014785
NC_000019.9 PPFIA3 1.42e-01 2.81e-08 0.00015008
NC_000016.9 IL27 2.49e-01 2.89e-08 0.00015257
NC_000020.10 CPXM1 2.09e-01 3.08e-08 0.00015703
NC_000019.9 COL5A3 3.02e-01 3.10e-08 0.00015703
NC_000001.10 MIR429 2.28e-01 3.28e-08 0.00016104
NC_000012.11 ERBB3 1.77e-01 3.33e-08 0.00016104
NC_000003.11 DNAJB8 1.60e-01 3.37e-08 0.00016104
NC_000019.9 KDELR1 2.15e-01 3.38e-08 0.00016104
NC_000019.9 KLK11 1.00e-01 3.43e-08 0.00016104
NC_000011.9 SIGIRR 2.20e-01 3.45e-08 0.00016104
NC_000006.11 TNXB 2.42e-01 3.45e-08 0.00016104
NC_000001.10 MXRA8 2.26e-01 3.62e-08 0.00016726
NC_000019.9 JSRP1 2.61e-01 3.82e-08 0.00017337
NC_000019.9 MIR150 2.10e-01 3.99e-08 0.0001764
NC_000007.13 DNAJB6 2.12e-01 3.99e-08 0.0001764
NC_000016.9 MSLN 2.10e-01 4.00e-08 0.0001764
NC_000002.11 SIX2 1.90e-01 4.22e-08 0.0001848
NC_000001.10 ARHGEF16 2.55e-01 4.32e-08 0.00018568
NC_000001.10 TINAGL1 3.14e-01 4.35e-08 0.00018568
NC_000007.13 UFSP1 1.96e-01 4.55e-08 0.00018768
NC_000016.9 CACNA1H 2.86e-01 4.56e-08 0.00018768
NC_000011.9 CD3G 1.20e-01 4.56e-08 0.00018768
NC_000019.9 DMKN 2.40e-01 4.66e-08 0.00018774
NC_000019.9 CAPN12 2.35e-01 4.68e-08 0.00018774
NC_000014.8 MEG8 1.85e-01 4.79e-08 0.00018774
NC_000001.10 ARHGEF16 1.13e-01 4.81e-08 0.00018774
NC_000001.10 ARHGEF16 3.01e-01 4.88e-08 0.00018774
NC_000020.10 BMP7 1.86e-01 4.99e-08 0.00018774
NC_000017.10 ALOX15 1.27e-01 5.27e-08 0.00019448
NC_000022.10 TBX1 2.72e-01 5.37e-08 0.00019448
NC_000012.11 P2RX2 1.63e-01 5.50e-08 0.0001963
NC_000023.10 TKTL1 1.78e-01 5.60e-08 0.00019754
NC_000008.10 BMP1 1.70e-01 5.61e-08 0.00019754
NC_000010.10 TLX1NB 1.31e-01 5.70e-08 0.00019922
NC_000009.11 C9orf171 2.61e-01 6.04e-08 0.00020786
NC_000019.9 DMKN 2.60e-01 6.13e-08 0.00020951
NC_000014.8 MIR496 1.54e-01 6.33e-08 0.0002123
NC_000001.10 FGR 3.00e-01 6.34e-08 0.0002123
NC_000001.10 C1orf170 2.40e-01 6.44e-08 0.00021423
NC_000019.9 NKPD1 1.65e-01 6.50e-08 0.00021469
NC_000019.9 SYMPK 7.60e-02 6.55e-08 0.00021498
NC_000002.11 ANO7 1.90e-01 6.70e-08 0.00021737
NC_000002.11 LIMS2 2.13e-01 6.80e-08 0.00021737
NC_000022.10 TBX1 3.14e-01 6.91e-08 0.00021873
NC_000005.9 LOC389333 1.92e-01 6.94e-08 0.00021873
NC_000013.10 MLNR 2.81e-01 7.08e-08 0.00021911
NC_000012.11 CDK2AP1 2.75e-01 7.16e-08 0.00021911
NC_000001.10 CSF3R 1.93e-01 7.17e-08 0.00021911
NC_000001.10 TMEM88B 1.45e-01 7.17e-08 0.00021911
NC_000001.10 EFNA3 2.20e-01 7.41e-08 0.00022222
NC_000018.9 NFATC1 1.32e-01 7.53e-08 0.00022222
NC_000019.9 AMH 4.19e-01 7.62e-08 0.00022222
NC_000016.9 CACNA1H 3.26e-01 7.67e-08 0.00022222
NC_000016.9 APOB48R 2.08e-01 7.69e-08 0.00022222
NC_000011.9 IFITM1 1.42e-01 7.69e-08 0.00022222
NC_000006.11 NCR3 1.80e-01 7.84e-08 0.00022513
NC_000017.10 PRCD 2.63e-01 7.93e-08 0.00022586
NC_000003.11 SEMA3B 2.32e-01 8.00e-08 0.00022586
NC_000015.9 SMAD6 2.98e-01 8.03e-08 0.00022586
NC_000001.10 TINAGL1 2.60e-01 8.16e-08 0.00022586
NC_000010.10 CHAT 2.44e-01 8.16e-08 0.00022586
NC_000002.11 RHOB 9.47e-02 8.19e-08 0.00022586
NC_000010.10 CHAT 2.49e-01 8.55e-08 0.00023336
NC_000019.9 SLC1A5 1.04e-01 8.86e-08 0.00024047
NC_000012.11 LTBR 1.70e-01 8.96e-08 0.0002416
NC_000002.11 TFCP2L1 2.43e-01 9.29e-08 0.00024555
NC_000001.10 PCNXL2 1.74e-01 9.35e-08 0.00024555
NC_000014.8 DLK1 2.07e-01 9.36e-08 0.00024555
NC_000012.11 ITGB7 2.43e-01 9.41e-08 0.00024555
NC_000022.10 TBX1 1.58e-01 9.46e-08 0.00024555
NC_000019.9 THEG 2.70e-01 1.01e-07 0.00026
NC_000001.10 MEGF6 1.60e-01 1.04e-07 0.00026586
NC_000019.9 ABCA7 1.63e-01 1.13e-07 0.00027869
NC_000016.9 E4F1 -2.59e-01 1.13e-07 0.00027869
NC_000002.11 FAM59B 1.59e-01 1.14e-07 0.00027869
NC_000022.10 RPL3 -1.08e-01 1.15e-07 0.00027869
NC_000001.10 ATAD3C 1.16e-01 1.15e-07 0.00027869
NC_000015.9 HCN4 6.71e-02 1.15e-07 0.00027869
NC_000003.11 SLC12A8 2.16e-01 1.16e-07 0.00027966
NC_000014.8 XRCC3 1.95e-01 1.16e-07 0.00027966
NC_000015.9 LOC390595 -1.38e-01 1.18e-07 0.00028151
NC_000019.9 CCDC8 3.20e-01 1.19e-07 0.00028316
NC_000011.9 TCIRG1 7.77e-02 1.21e-07 0.00028565
NC_000016.9 MSLNL 1.47e-01 1.22e-07 0.00028672
NC_000006.11 ITPR3 1.99e-01 1.23e-07 0.00028672
NC_000017.10 ITGB4 2.02e-01 1.27e-07 0.00029531
NC_000005.9 ANKRD33B 1.55e-01 1.29e-07 0.00029587
NC_000019.9 C5AR1 1.77e-01 1.29e-07 0.00029587
NC_000001.10 MIR200B 3.41e-01 1.30e-07 0.00029587
NC_000001.10 ADC 1.54e-01 1.32e-07 0.0002984
NC_000016.9 CNGB1 3.12e-01 1.33e-07 0.00029921
NC_000003.11 SEMA5B 2.05e-01 1.33e-07 0.00029921
NC_000019.9 TYROBP 1.53e-01 1.34e-07 0.00029991
NC_000016.9 IL27 2.40e-01 1.41e-07 0.00031064
NC_000002.11 APOB 1.56e-01 1.43e-07 0.00031451
NC_000001.10 PRDM16 8.81e-02 1.45e-07 0.00031451
NC_000017.10 USH1G -3.68e-01 1.45e-07 0.00031451
NC_000012.11 STAC3 2.11e-01 1.47e-07 0.00031495
NC_000016.9 CCDC102A 1.90e-01 1.47e-07 0.00031495
NC_000003.11 BDH1 1.78e-01 1.48e-07 0.00031495
NC_000001.10 PIGR 1.34e-01 1.48e-07 0.00031495
NC_000011.9 SIGIRR 2.59e-01 1.50e-07 0.00031746
NC_000019.9 REXO1 1.02e-01 1.50e-07 0.00031746
NC_000012.11 NCOR2 1.65e-01 1.52e-07 0.00031939
NC_000004.11 CPZ 3.11e-01 1.53e-07 0.00032113
NC_000016.9 PRSS33 2.52e-01 1.56e-07 0.000325
NC_000017.10 KCNH4 3.18e-01 1.57e-07 0.00032646
NC_000014.8 DIO3OS 1.79e-01 1.58e-07 0.00032688
NC_000009.11 RAPGEF1 3.79e-01 1.61e-07 0.000329
NC_000019.9 CCDC8 2.03e-01 1.61e-07 0.000329
NC_000016.9 BAIAP3 9.84e-02 1.62e-07 0.000329
NC_000002.11 TNS1 1.72e-01 1.62e-07 0.000329
NC_000006.11 ZBTB22 1.91e-01 1.63e-07 0.00032908
NC_000003.11 SEMA3B 1.66e-01 1.64e-07 0.00033073
NC_000001.10 GRIK3 2.30e-01 1.65e-07 0.00033073
NC_000001.10 MEGF6 2.04e-01 1.76e-07 0.00034965
NC_000011.9 CHRM1 2.27e-01 1.77e-07 0.00035127
NC_000019.9 NCCRP1 1.38e-01 1.78e-07 0.00035201
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