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Basic Information

The table below details the source and basic information of this item.

Title Content
iBAD ID iBAD_0000299
Karyotype Trisomy 21
Type Methylation profiling by array
Diseases Down syndrome
Organism Homo sapiens
Tissue Blood
Cell Line Whole blood
Platform GPL13534
Accession GSE52588
GEO Title Identification of a DNA methylation signature in blood from subjects affected by Down syndrome
PMID 25701644
Article Title Identification of a DNA methylation signature in blood cells from persons with Down Syndrome
Author Bacalini MG, Gentilini D, Boattini A, Giampieri E, Pirazzini C, Giuliani C, Fontanesi E, Scurti M, Remondini D, Capri M, Cocchi G, Ghezzo A, Del Rio A, Luiselli D, Vitale G, Mari D, Castellani G, Fraga M, Di Blasio AM, Salvioli S, Franceschi C, Garagnani P
GEO Link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE52588
Pub Link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25701644
FTP Download ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE52nnn/GSE52588/
SRA Run Selector -
SRP -

Differentially Expressed Genes

The gene expression matrix, up- and down-regulated gene list are provided. Click the three following options to download the corresponding list.

Gene ID Gene Name logFC P-value P-adj
NC_000001.10 FAM131C -1.71e-01 1.71e-20 8.29e-15
NC_000008.10 FAM83H 1.69e-01 1.07e-18 2.59e-13
NC_000002.11 ACMSD -1.73e-01 4.14e-16 4.02e-11
NC_000002.11 KIF5C -2.45e-01 5.44e-16 4.28e-11
NC_000005.9 CRHBP 2.76e-01 1.44e-15 7.75e-11
NC_000016.9 IRF8 -1.88e-01 7.77e-15 2.90e-10
NC_000006.11 ZDHHC14 -3.81e-01 8.49e-15 2.95e-10
NC_000004.11 SORBS2 -2.64e-01 1.50e-14 4.54e-10
NC_000009.11 KIAA1161 4.18e-01 1.69e-14 4.63e-10
NC_000001.10 METTL11B 2.07e-01 1.72e-14 4.63e-10
NC_000019.9 SNORD23 -2.48e-01 1.83e-14 4.66e-10
NC_000015.9 LOC145814 2.59e-01 2.29e-14 5.30e-10
NC_000008.10 FAM83H 1.77e-01 2.92e-14 6.16e-10
NC_000001.10 CD247 -1.53e-01 3.65e-14 6.78e-10
NC_000002.11 TMEM131 -3.89e-01 3.72e-14 6.78e-10
NC_000004.11 SORBS2 -3.29e-01 3.77e-14 6.78e-10
NC_000006.11 ZDHHC14 -2.54e-01 3.92e-14 6.80e-10
NC_000016.9 ZNF668 -2.26e-01 4.45e-14 7.28e-10
NC_000006.11 LY6G5C -2.46e-01 5.19e-14 8.13e-10
NC_000022.10 MAPK11 1.63e-01 6.83e-14 9.88e-10
NC_000019.9 IL29 -1.41e-01 8.20e-14 1.14e-09
NC_000009.11 KIAA1161 2.47e-01 9.02e-14 1.22e-09
NC_000010.10 ZMIZ1 -2.03e-01 9.95e-14 1.26e-09
NC_000001.10 ACOT7 -1.83e-01 1.01e-13 1.26e-09
NC_000017.10 TOM1L2 -1.35e-01 1.24e-13 1.47e-09
NC_000003.11 GHRL -2.27e-01 1.51e-13 1.71e-09
NC_000006.11 ZDHHC14 -3.28e-01 1.55e-13 1.72e-09
NC_000004.11 SORBS2 -2.72e-01 1.59e-13 1.72e-09
NC_000007.13 HOXA2 -2.94e-01 1.65e-13 1.74e-09
NC_000006.11 STK19 2.93e-01 1.78e-13 1.83e-09
NC_000005.9 PFN3 4.48e-01 1.81e-13 1.83e-09
NC_000010.10 DIP2C -9.01e-02 1.85e-13 1.83e-09
NC_000006.11 SFT2D1 -3.00e-01 2.11e-13 2.05e-09
NC_000016.9 DPEP1 2.91e-01 2.64e-13 2.45e-09
NC_000019.9 GP6 -3.32e-01 2.66e-13 2.45e-09
NC_000013.10 MCF2L -2.02e-01 2.68e-13 2.45e-09
NC_000016.9 DPEP1 2.45e-01 2.75e-13 2.45e-09
NC_000013.10 PCID2 -2.74e-01 2.77e-13 2.45e-09
NC_000016.9 NDE1 -1.96e-01 2.89e-13 2.48e-09
NC_000006.11 ZDHHC14 -1.45e-01 2.92e-13 2.48e-09
NC_000016.9 FA2H -1.77e-01 2.97e-13 2.48e-09
NC_000006.11 SFT2D1 -2.77e-01 3.13e-13 2.58e-09
NC_000019.9 GP6 -2.65e-01 3.22e-13 2.60e-09
NC_000004.11 SORBS2 -2.75e-01 3.27e-13 2.60e-09
NC_000002.11 LCT -3.42e-01 3.41e-13 2.67e-09
NC_000007.13 HOXA2 -2.71e-01 4.08e-13 3.15e-09
NC_000012.11 AGAP2 9.68e-02 5.59e-13 4.05e-09
NC_000007.13 WDR60 -1.77e-01 5.80e-13 4.14e-09
NC_000020.10 C20orf54 -1.76e-01 6.28e-13 4.41e-09
NC_000011.9 PPFIBP2 -2.23e-01 6.35e-13 4.41e-09
NC_000010.10 SVIL -1.66e-01 6.51e-13 4.41e-09
NC_000019.9 GP6 -2.90e-01 6.53e-13 4.41e-09
NC_000010.10 HPSE2 2.39e-01 6.78e-13 4.43e-09
NC_000003.11 AMIGO3 3.41e-01 6.80e-13 4.43e-09
NC_000021.8 C21orf84 -1.75e-01 6.84e-13 4.43e-09
NC_000006.11 SASH1 -2.09e-01 7.64e-13 4.83e-09
NC_000011.9 NAV2 -1.72e-01 7.65e-13 4.83e-09
NC_000001.10 KIF26B -2.72e-01 8.69e-13 5.41e-09
NC_000020.10 C20orf54 -2.00e-01 9.29e-13 5.71e-09
NC_000007.13 HOXA2 -8.63e-02 9.47e-13 5.71e-09
NC_000009.11 WNK2 -1.58e-01 9.53e-13 5.71e-09
NC_000011.9 VSIG2 -2.20e-01 1.23e-12 7.13e-09
NC_000007.13 HOXA2 -2.43e-01 1.45e-12 8.19e-09
NC_000012.11 KDM2B 2.48e-01 1.57e-12 8.67e-09
NC_000008.10 TRIM35 -1.59e-01 1.60e-12 8.71e-09
NC_000015.9 LOC145814 1.47e-01 1.75e-12 9.31e-09
NC_000020.10 C20orf54 -2.65e-01 1.82e-12 9.62e-09
NC_000016.9 LMF1 -4.27e-01 1.85e-12 9.65e-09
NC_000019.9 GP6 -4.18e-01 1.95e-12 1.01e-08
NC_000013.10 MCF2L -3.10e-01 2.04e-12 1.03e-08
NC_000008.10 FOXH1 2.52e-01 2.04e-12 1.03e-08
NC_000006.11 ZDHHC14 -2.59e-01 2.09e-12 1.05e-08
NC_000007.13 HOXA2 -1.03e-01 2.27e-12 1.12e-08
NC_000021.8 C21orf84 -1.57e-01 2.28e-12 1.12e-08
NC_000004.11 SORBS2 -2.24e-01 2.37e-12 1.15e-08
NC_000020.10 C20orf54 -2.54e-01 3.07e-12 1.46e-08
NC_000015.9 LOC145814 2.31e-01 3.14e-12 1.48e-08
NC_000019.9 GP6 -2.70e-01 3.18e-12 1.49e-08
NC_000007.13 HOXA2 -1.37e-01 3.27e-12 1.51e-08
NC_000001.10 CTRC -2.05e-01 3.48e-12 1.57e-08
NC_000018.9 CCDC102B -1.86e-01 3.49e-12 1.57e-08
NC_000005.9 PFN3 2.01e-01 3.74e-12 1.67e-08
NC_000001.10 ACTN2 1.66e-01 4.03e-12 1.76e-08
NC_000005.9 F12 2.28e-01 4.25e-12 1.84e-08
NC_000011.9 SERPINH1 -9.89e-02 5.10e-12 2.17e-08
NC_000016.9 NDE1 -3.19e-01 5.16e-12 2.18e-08
NC_000015.9 CYP19A1 -1.88e-01 5.24e-12 2.19e-08
NC_000020.10 DLGAP4 -2.22e-01 5.70e-12 2.35e-08
NC_000008.10 MFSD3 -1.71e-01 5.78e-12 2.36e-08
NC_000020.10 C20orf54 -2.11e-01 6.37e-12 2.52e-08
NC_000006.11 PNRC1 1.87e-01 6.38e-12 2.52e-08
NC_000017.10 TMC6 1.98e-01 6.72e-12 2.62e-08
NC_000009.11 PTCH1 1.87e-01 6.75e-12 2.62e-08
NC_000019.9 DPF1 -1.53e-01 6.83e-12 2.63e-08
NC_000011.9 DEAF1 -2.66e-01 6.99e-12 2.67e-08
NC_000012.11 LOC144742 2.00e-01 7.21e-12 2.73e-08
NC_000006.11 STK19 2.28e-01 7.31e-12 2.73e-08
NC_000006.11 RPS6KA2 -1.69e-01 7.42e-12 2.75e-08
NC_000019.9 GEMIN7 1.37e-01 7.63e-12 2.81e-08
NC_000006.11 GABBR1 -2.14e-01 8.09e-12 2.94e-08
NC_000019.9 RETN -1.11e-01 8.12e-12 2.94e-08
NC_000013.10 MCF2L -2.16e-01 8.26e-12 2.97e-08
NC_000002.11 TMEM131 -3.20e-01 9.67e-12 3.45e-08
NC_000019.9 GEMIN7 1.66e-01 1.01e-11 3.57e-08
NC_000011.9 PPFIBP2 -1.73e-01 1.04e-11 3.65e-08
NC_000019.9 LPPR3 2.14e-01 1.07e-11 3.74e-08
NC_000007.13 HOXA2 -2.33e-01 1.09e-11 3.79e-08
NC_000020.10 C20orf54 -1.74e-01 1.16e-11 3.97e-08
NC_000006.11 GSTA3 -1.08e-01 1.16e-11 3.97e-08
NC_000002.11 BIN1 -3.05e-01 1.19e-11 4.05e-08
NC_000019.9 GP6 -2.70e-01 1.22e-11 4.07e-08
NC_000006.11 GABBR1 -1.72e-01 1.26e-11 4.18e-08
NC_000006.11 KIF13A 1.99e-01 1.28e-11 4.21e-08
NC_000001.10 GPR161 -9.07e-02 1.33e-11 4.30e-08
NC_000011.9 FTH1 1.44e-01 1.35e-11 4.33e-08
NC_000007.13 HOXA2 -7.93e-02 1.41e-11 4.52e-08
NC_000003.11 CELSR3 2.20e-01 1.44e-11 4.56e-08
NC_000015.9 STRA6 -1.07e-01 1.61e-11 4.98e-08
NC_000008.10 FAM83H 2.97e-01 1.79e-11 5.39e-08
NC_000002.11 LCT -3.40e-01 1.79e-11 5.39e-08
NC_000001.10 UBE2J2 -2.25e-01 1.84e-11 5.52e-08
NC_000002.11 TSSC1 -2.84e-01 1.92e-11 5.72e-08
NC_000008.10 LRRC24 1.94e-01 1.95e-11 5.75e-08
NC_000002.11 FBLN7 -1.37e-01 2.40e-11 6.77e-08
NC_000011.9 TNNT3 2.22e-01 2.50e-11 7.00e-08
NC_000006.11 RPS6KA2 -2.59e-01 2.51e-11 7.00e-08
NC_000002.11 ZAP70 1.21e-01 2.55e-11 7.07e-08
NC_000007.13 HOXA2 -2.22e-01 2.65e-11 7.31e-08
NC_000017.10 FAM18B2 -2.03e-01 2.68e-11 7.32e-08
NC_000008.10 SOX7 -1.38e-01 2.72e-11 7.38e-08
NC_000012.11 PPFIBP1 1.65e-01 2.81e-11 7.57e-08
NC_000010.10 UROS -5.58e-02 2.83e-11 7.59e-08
NC_000001.10 ACTN2 1.75e-01 2.87e-11 7.66e-08
NC_000011.9 PAK1 -2.79e-01 3.02e-11 8.02e-08
NC_000014.8 TECPR2 -1.50e-01 3.04e-11 8.02e-08
NC_000006.11 GABBR1 -2.04e-01 3.07e-11 8.05e-08
NC_000010.10 PARD3 -1.11e-01 3.17e-11 8.15e-08
NC_000007.13 BLVRA 2.15e-01 3.19e-11 8.15e-08
NC_000017.10 MFAP4 1.16e-01 3.19e-11 8.15e-08
NC_000007.13 HOXA2 -2.08e-01 3.31e-11 8.33e-08
NC_000006.11 GABBR1 -1.56e-01 3.42e-11 8.54e-08
NC_000020.10 C20orf54 -9.49e-02 3.43e-11 8.54e-08
NC_000004.11 ARHGAP10 -1.85e-01 3.53e-11 8.71e-08
NC_000005.9 EBF1 -1.61e-01 3.53e-11 8.71e-08
NC_000007.13 HOXA2 -1.90e-01 3.99e-11 9.68e-08
NC_000005.9 SH3PXD2B -1.06e-01 3.74e-11 9.18e-08
NC_000007.13 KIAA0087 -1.61e-01 3.81e-11 9.29e-08
NC_000004.11 SORBS2 -2.75e-01 4.02e-11 9.70e-08
NC_000009.11 WNK2 -1.12e-01 4.22e-11 1.02e-07
NC_000010.10 KAZALD1 -1.91e-01 4.41e-11 1.04e-07
NC_000001.10 TNFRSF4 -1.04e-01 4.57e-11 1.08e-07
NC_000005.9 ETF1 1.13e-01 4.61e-11 1.08e-07
NC_000008.10 LOXL2 -1.73e-01 4.69e-11 1.09e-07
NC_000007.13 HOXA2 -2.34e-01 4.91e-11 1.14e-07
NC_000001.10 RUNX3 1.65e-01 4.98e-11 1.15e-07
NC_000001.10 ACTN2 1.86e-01 4.99e-11 1.15e-07
NC_000016.9 IFT140 -1.79e-01 5.07e-11 1.16e-07
NC_000005.9 COL23A1 -1.09e-01 5.37e-11 1.21e-07
NC_000006.11 GABBR1 -1.72e-01 5.46e-11 1.23e-07
NC_000007.13 MAD1L1 -1.60e-01 5.48e-11 1.23e-07
NC_000001.10 UBE2J2 -1.78e-01 5.58e-11 1.24e-07
NC_000006.11 GABBR1 -1.92e-01 6.06e-11 1.33e-07
NC_000009.11 KIAA1161 1.77e-01 6.13e-11 1.34e-07
NC_000002.11 TMEM131 -3.23e-01 6.28e-11 1.37e-07
NC_000011.9 PPFIBP2 -1.44e-01 6.41e-11 1.39e-07
NC_000001.10 FHAD1 -1.01e-01 6.92e-11 1.49e-07
NC_000002.11 TMEM37 -1.47e-01 6.93e-11 1.49e-07
NC_000016.9 CMIP -1.97e-01 7.31e-11 1.55e-07
NC_000003.11 KCNH8 2.29e-01 7.49e-11 1.57e-07
NC_000016.9 XYLT1 -1.87e-01 7.71e-11 1.61e-07
NC_000020.10 EBF4 3.64e-01 7.86e-11 1.63e-07
NC_000013.10 PCCA -2.42e-01 8.05e-11 1.66e-07
NC_000011.9 PPFIBP2 -2.34e-01 8.09e-11 1.66e-07
NC_000023.10 ITIH5L -1.81e-01 8.86e-11 1.81e-07
NC_000001.10 C1orf228 -8.20e-02 8.94e-11 1.82e-07
NC_000001.10 PMVK 1.25e-01 9.04e-11 1.83e-07
NC_000006.11 C6orf217 -1.35e-01 9.26e-11 1.86e-07
NC_000004.11 SLC10A6 -1.67e-01 9.85e-11 1.96e-07
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