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The table below details the source and basic information of this item.

Title Content
iBAD ID iBAD_0000298
Karyotype Trisomy 21
Type Methylation profiling by array
Diseases Down syndrome
Organism Homo sapiens
Tissue Blood
Cell Line Whole blood
Platform GPL13534
Accession GSE52588
GEO Title Identification of a DNA methylation signature in blood from subjects affected by Down syndrome
PMID 25701644
Article Title Identification of a DNA methylation signature in blood cells from persons with Down Syndrome
Author Bacalini MG, Gentilini D, Boattini A, Giampieri E, Pirazzini C, Giuliani C, Fontanesi E, Scurti M, Remondini D, Capri M, Cocchi G, Ghezzo A, Del Rio A, Luiselli D, Vitale G, Mari D, Castellani G, Fraga M, Di Blasio AM, Salvioli S, Franceschi C, Garagnani P
GEO Link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE52588
Pub Link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25701644
FTP Download ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE52nnn/GSE52588/
SRA Run Selector -
SRP -

Differentially Expressed Genes

The gene expression matrix, up- and down-regulated gene list are provided. Click the three following options to download the corresponding list.

Gene ID Gene Name logFC P-value P-adj
NC_000013.10 ATP11A 4.57e-01 4.96e-39 2.41e-33
NC_000016.9 NDE1 -3.44e-01 1.21e-36 2.93e-31
NC_000016.9 NDE1 -1.89e-01 2.98e-33 4.83e-28
NC_000001.10 C1orf113 1.95e-01 1.05e-31 1.27e-26
NC_000002.11 TSSC1 -3.02e-01 1.92e-30 1.87e-25
NC_000013.10 PCID2 -2.75e-01 1.76e-29 1.42e-24
NC_000016.9 NOXO1 2.65e-01 7.53e-28 4.57e-23
NC_000013.10 ATP11A 3.45e-01 1.85e-27 9.43e-23
NC_000001.10 C1orf113 1.61e-01 2.40e-27 1.06e-22
NC_000021.8 RUNX1 6.16e-01 5.53e-27 2.24e-22
NC_000016.9 LMF1 -3.99e-01 2.69e-26 9.35e-22
NC_000014.8 PABPN1 -2.31e-01 5.24e-26 1.50e-21
NC_000003.11 PRRT3 4.05e-01 8.20e-26 2.21e-21
NC_000016.9 ZNF668 -2.38e-01 1.78e-25 4.54e-21
NC_000001.10 SPTA1 3.31e-01 1.87e-25 4.54e-21
NC_000007.13 BLVRA 2.43e-01 3.73e-25 8.63e-21
NC_000016.9 JMJD8 2.63e-01 4.36e-25 9.63e-21
NC_000006.11 DST 1.51e-01 4.63e-25 9.78e-21
NC_000007.13 KIAA0087 -2.44e-01 6.98e-25 1.41e-20
NC_000016.9 DPEP1 3.00e-01 2.63e-24 4.73e-20
NC_000012.11 SETD1B 2.05e-01 3.31e-24 5.75e-20
NC_000005.9 F12 1.32e-01 5.46e-24 9.14e-20
NC_000007.13 BLVRA 2.69e-01 9.14e-24 1.35e-19
NC_000015.9 LOC145814 2.41e-01 1.03e-23 1.47e-19
NC_000003.11 GHRL -1.95e-01 1.36e-23 1.88e-19
NC_000008.10 GPAA1 5.59e-02 2.41e-23 3.17e-19
NC_000011.9 PAK1 -2.94e-01 3.08e-23 3.74e-19
NC_000016.9 NDE1 -1.49e-01 3.62e-23 4.29e-19
NC_000001.10 ACOT7 -1.81e-01 3.94e-23 4.55e-19
NC_000021.8 RUNX1 4.99e-01 5.22e-23 5.89e-19
NC_000005.9 PFN3 3.76e-01 5.75e-23 6.34e-19
NC_000016.9 DPEP1 3.25e-01 8.14e-23 8.78e-19
NC_000007.13 MAD1L1 -1.56e-01 1.38e-22 1.40e-18
NC_000006.11 ZDHHC14 -3.14e-01 3.17e-22 3.11e-18
NC_000003.11 KCNH8 2.41e-01 3.74e-22 3.56e-18
NC_000016.9 JMJD8 4.26e-02 5.28e-22 4.93e-18
NC_000006.11 LY6G5C -2.23e-01 5.61e-22 5.14e-18
NC_000016.9 NOXO1 2.34e-01 5.84e-22 5.25e-18
NC_000021.8 ABCG1 1.84e-01 8.08e-22 7.06e-18
NC_000002.11 EMILIN1 6.46e-02 8.22e-22 7.06e-18
NC_000010.10 FBXL15 2.10e-01 8.29e-22 7.06e-18
NC_000005.9 TCF7 1.66e-01 2.06e-21 1.69e-17
NC_000012.11 CCDC60 1.71e-01 2.54e-21 2.06e-17
NC_000006.11 ZDHHC14 -2.27e-01 2.92e-21 2.32e-17
NC_000016.9 IRF8 -2.15e-01 3.43e-21 2.69e-17
NC_000012.11 CCDC60 1.65e-01 5.47e-21 4.22e-17
NC_000013.10 PCCA -2.12e-01 6.24e-21 4.73e-17
NC_000001.10 GNG4 1.79e-01 8.06e-21 5.93e-17
NC_000002.11 LCT -3.05e-01 9.36e-21 6.78e-17
NC_000011.9 BCL9L 2.56e-01 9.65e-21 6.89e-17
NC_000004.11 SORBS2 -3.66e-01 1.07e-20 7.54e-17
NC_000013.10 GPC6 -2.70e-01 1.18e-20 8.08e-17
NC_000001.10 S100A5 -1.53e-01 1.32e-20 8.89e-17
NC_000021.8 RUNX1 3.63e-01 1.45e-20 9.65e-17
NC_000016.9 LMF1 -2.76e-01 1.72e-20 1.11e-16
NC_000011.9 VSIG2 -2.17e-01 1.83e-20 1.17e-16
NC_000019.9 HSH2D -2.01e-01 1.85e-20 1.17e-16
NC_000016.9 LMF1 -3.06e-01 2.07e-20 1.29e-16
NC_000006.11 B3GALT4 2.66e-01 2.14e-20 1.32e-16
NC_000012.11 SFRS8 -1.68e-01 4.82e-20 2.79e-16
NC_000005.9 NDUFS6 -1.31e-01 5.75e-20 3.21e-16
NC_000017.10 TMC6 2.09e-01 7.71e-20 4.25e-16
NC_000017.10 RAP1GAP2 1.48e-01 8.62e-20 4.70e-16
NC_000022.10 GP1BB 8.76e-02 1.10e-19 5.83e-16
NC_000011.9 NCAM1 2.26e-01 1.16e-19 6.03e-16
NC_000015.9 IGF1R -1.45e-01 1.43e-19 7.36e-16
NC_000002.11 KIF5C -2.35e-01 1.44e-19 7.36e-16
NC_000019.9 SNORD23 -1.82e-01 1.58e-19 7.93e-16
NC_000010.10 LOC283050 2.07e-01 1.65e-19 8.18e-16
NC_000011.9 EXPH5 -1.71e-01 2.03e-19 9.95e-16
NC_000016.9 CETP 2.33e-01 2.06e-19 1.00e-15
NC_000011.9 THY1 9.48e-02 2.23e-19 1.07e-15
NC_000019.9 IL29 -1.42e-01 2.30e-19 1.09e-15
NC_000006.11 MDFI -1.65e-01 3.24e-19 1.51e-15
NC_000006.11 ZC3H12D 1.68e-01 4.02e-19 1.84e-15
NC_000005.9 KCNIP1 -1.41e-01 4.15e-19 1.88e-15
NC_000007.13 HIPK2 -1.97e-01 4.52e-19 2.03e-15
NC_000017.10 MFAP4 1.26e-01 5.61e-19 2.45e-15
NC_000011.9 CHID1 -2.96e-01 5.91e-19 2.54e-15
NC_000005.9 GRM6 1.80e-01 8.36e-19 3.56e-15
NC_000001.10 SEMA4A 1.42e-01 8.96e-19 3.75e-15
NC_000016.9 NME3 2.67e-01 9.68e-19 4.02e-15
NC_000015.9 MYO1E -2.10e-01 1.05e-18 4.26e-15
NC_000006.11 ZDHHC14 -2.29e-01 1.05e-18 4.26e-15
NC_000011.9 VSIG2 -1.99e-01 1.06e-18 4.27e-15
NC_000016.9 RLTPR 3.28e-01 1.08e-18 4.28e-15
NC_000016.9 CETP 2.59e-01 1.20e-18 4.70e-15
NC_000016.9 LMF1 -2.71e-01 1.22e-18 4.70e-15
NC_000001.10 PRDM16 -2.60e-01 1.21e-18 4.70e-15
NC_000007.13 NOS3 1.25e-01 1.26e-18 4.81e-15
NC_000002.11 TMEM131 -2.42e-01 1.35e-18 5.12e-15
NC_000006.11 ZDHHC14 -3.76e-01 1.48e-18 5.59e-15
NC_000002.11 BIN1 -2.48e-01 1.54e-18 5.75e-15
NC_000003.11 TMEM108 9.60e-02 1.58e-18 5.86e-15
NC_000013.10 MCF2L -1.77e-01 1.91e-18 7.00e-15
NC_000010.10 SVIL -1.31e-01 2.09e-18 7.56e-15
NC_000001.10 RNF220 1.33e-01 2.18e-18 7.84e-15
NC_000002.11 LCT -3.47e-01 2.24e-18 7.91e-15
NC_000017.10 RAP1GAP2 1.65e-01 2.41e-18 8.42e-15
NC_000010.10 ARHGAP22 2.07e-01 2.50e-18 8.68e-15
NC_000007.13 AP1S1 7.92e-02 2.61e-18 8.97e-15
NC_000001.10 UBE2J2 -1.97e-01 2.70e-18 9.17e-15
NC_000005.9 CMYA5 -2.86e-01 3.01e-18 1.01e-14
NC_000006.11 HECA 1.90e-01 3.03e-18 1.01e-14
NC_000007.13 ELN 3.33e-01 3.46e-18 1.14e-14
NC_000002.11 MEIS1 1.55e-01 4.17e-18 1.34e-14
NC_000004.11 SORBS2 -2.74e-01 4.26e-18 1.36e-14
NC_000010.10 DLG5 -1.66e-01 4.91e-18 1.56e-14
NC_000010.10 CUGBP2 7.49e-02 5.34e-18 1.64e-14
NC_000007.13 KIAA0087 -1.70e-01 5.83e-18 1.78e-14
NC_000016.9 CETP 2.04e-01 6.24e-18 1.89e-14
NC_000016.9 NOXO1 1.24e-01 7.02e-18 2.12e-14
NC_000011.9 UNC93B1 -1.48e-01 7.73e-18 2.27e-14
NC_000014.8 PPP1R3E 1.47e-01 9.74e-18 2.85e-14
NC_000004.11 SORBS2 -2.40e-01 9.83e-18 2.86e-14
NC_000001.10 MAP3K6 1.74e-01 1.01e-17 2.92e-14
NC_000017.10 PRPSAP2 1.05e-01 1.02e-17 2.92e-14
NC_000004.11 SH3BP2 9.83e-02 1.03e-17 2.95e-14
NC_000005.9 PFN3 4.01e-01 1.14e-17 3.21e-14
NC_000011.9 BCL9L 2.21e-01 1.21e-17 3.39e-14
NC_000017.10 ITGB3 -1.39e-01 1.25e-17 3.46e-14
NC_000002.11 TMEM131 -3.05e-01 1.25e-17 3.46e-14
NC_000017.10 ARHGAP23 -1.08e-01 1.33e-17 3.66e-14
NC_000019.9 OSCAR -2.99e-01 1.55e-17 4.19e-14
NC_000010.10 C10orf11 1.88e-01 1.72e-17 4.62e-14
NC_000002.11 C2orf61 -5.54e-02 1.93e-17 5.15e-14
NC_000003.11 DOCK3 2.45e-01 2.11e-17 5.52e-14
NC_000010.10 TLX1 1.83e-01 2.14e-17 5.55e-14
NC_000002.11 DAPL1 2.88e-01 2.30e-17 5.90e-14
NC_000010.10 ANK3 -1.65e-01 2.31e-17 5.90e-14
NC_000002.11 ZEB2 4.18e-01 2.38e-17 6.05e-14
NC_000014.8 ARG2 1.43e-01 2.63e-17 6.65e-14
NC_000007.13 PLXNA4 2.93e-01 2.82e-17 7.10e-14
NC_000016.9 NOXO1 5.18e-02 2.94e-17 7.36e-14
NC_000020.10 ADA 9.01e-02 3.14e-17 7.82e-14
NC_000006.11 GSTA3 -1.06e-01 3.69e-17 9.13e-14
NC_000005.9 CRHBP 2.94e-01 3.80e-17 9.36e-14
NC_000016.9 LMF1 -2.71e-01 3.82e-17 9.36e-14
NC_000011.9 MTL5 1.84e-01 4.13e-17 9.97e-14
NC_000008.10 C8orf73 6.87e-02 5.23e-17 1.26e-13
NC_000002.11 TMEM131 -2.26e-01 5.74e-17 1.36e-13
NC_000010.10 TLX1 1.88e-01 6.18e-17 1.46e-13
NC_000004.11 SORBS2 -3.15e-01 7.38e-17 1.73e-13
NC_000005.9 UNC5A -1.03e-01 7.43e-17 1.74e-13
NC_000010.10 FBXL15 8.67e-02 7.74e-17 1.80e-13
NC_000011.9 VSIG2 -2.02e-01 7.94e-17 1.84e-13
NC_000006.11 HLA-DPB1 1.27e-01 8.35e-17 1.91e-13
NC_000022.10 CPT1B 2.74e-01 8.77e-17 2.00e-13
NC_000006.11 HLA-DMB 1.01e-01 9.22e-17 2.09e-13
NC_000002.11 BUB1 -1.63e-01 9.64e-17 2.18e-13
NC_000013.10 FARP1 -1.93e-01 1.01e-16 2.26e-13
NC_000005.9 F12 1.84e-01 1.11e-16 2.47e-13
NC_000008.10 LRRC24 1.60e-01 1.13e-16 2.51e-13
NC_000012.11 FBXL14 -1.63e-01 1.14e-16 2.52e-13
NC_000001.10 AKR1A1 1.55e-01 1.19e-16 2.62e-13
NC_000004.11 SORBS2 -3.20e-01 1.21e-16 2.64e-13
NC_000006.11 GABBR1 -1.23e-01 1.23e-16 2.68e-13
NC_000017.10 RTN4RL1 2.17e-01 1.25e-16 2.70e-13
NC_000006.11 B3GALT4 1.05e-01 1.25e-16 2.70e-13
NC_000013.10 ATP11A 3.46e-01 1.33e-16 2.86e-13
NC_000019.9 C19orf24 1.65e-01 1.36e-16 2.89e-13
NC_000008.10 PEBP4 -3.08e-01 1.39e-16 2.94e-13
NC_000017.10 RAP1GAP2 1.92e-01 1.44e-16 3.03e-13
NC_000006.11 ZC3H12D 2.67e-01 1.58e-16 3.29e-13
NC_000001.10 PRKCZ -1.46e-01 1.77e-16 3.65e-13
NC_000003.11 GP5 -1.61e-01 1.80e-16 3.68e-13
NC_000022.10 SYNGR1 1.75e-01 1.80e-16 3.68e-13
NC_000006.11 HLA-DMB 8.62e-02 1.87e-16 3.81e-13
NC_000012.11 KDM2B 2.49e-01 1.89e-16 3.84e-13
NC_000017.10 ABR 2.53e-01 1.90e-16 3.85e-13
NC_000016.9 OSGIN1 1.98e-01 2.00e-16 3.99e-13
NC_000002.11 C2orf61 -1.32e-01 2.11e-16 4.19e-13
NC_000016.9 ATP2A1 -7.40e-02 2.26e-16 4.43e-13
NC_000007.13 PRKAG2 -2.78e-01 2.51e-16 4.90e-13
NC_000008.10 GPAA1 7.08e-02 2.54e-16 4.93e-13
NC_000011.9 PPFIBP2 -1.81e-01 2.56e-16 4.94e-13
NC_000006.11 ZC3H12D 8.79e-02 2.79e-16 5.35e-13
NC_000015.9 CHRNB4 -9.30e-02 2.85e-16 5.43e-13
NC_000010.10 HPSE2 2.04e-01 2.85e-16 5.43e-13
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