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The table below details the source and basic information of this item.

Title Content
iBAD ID iBAD_0000293
Karyotype Trisomy 21
Type Methylation profiling by array
Diseases Down syndrome
Organism Homo sapiens
Tissue Brain
Cell Line Cerebral cortex
Platform GPL13534
Accession GSE74486
GEO Title Trans-effects of chromosome aneuploidies on DNA methylation patterns: DNA methylation analysis of Down syndrome in human brain tissues and cells
PMID 26607552
Article Title Trans effects of chromosome aneuploidies on DNA methylation patterns in human Down syndrome and mouse models
Author Mendioroz M, Do C, Jiang X, Liu C, Darbary HK, Lang CF, Lin J, Thomas A, Abu-Amero S, Stanier P, Temkin A, Yale A, Liu MM, Li Y, Salas M, Kerkel K, Capone G, Silverman W, Yu YE, Moore G, Wegiel J, Tycko B
GEO Link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE74486
Pub Link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26607552
FTP Download ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE74nnn/GSE74486/
SRA Run Selector -
SRP -

Differentially Expressed Genes

The gene expression matrix, up- and down-regulated gene list are provided. Click the three following options to download the corresponding list.

Gene ID Gene Name logFC P-value P-adj
NC_000008.10 LRRC14 1.91e-01 4.81e-14 2.16e-08
NC_000006.11 STK19 1.60e-01 1.81e-12 4.08e-07
NC_000006.11 STK19 1.59e-01 4.26e-12 6.40e-07
NC_000019.9 MZF1 2.25e-01 9.95e-12 1.12e-06
NC_000005.9 SHROOM1 1.33e-01 1.90e-11 1.71e-06
NC_000008.10 LRRC24 1.70e-01 2.67e-11 1.98e-06
NC_000006.11 STK19 7.82e-02 3.63e-11 1.98e-06
NC_000006.11 STK19 2.11e-01 3.93e-11 1.98e-06
NC_000006.11 STK19 1.50e-01 3.95e-11 1.98e-06
NC_000001.10 DHDDS 1.04e-01 6.08e-11 2.74e-06
NC_000005.9 FBXW11 -9.98e-02 7.19e-11 2.94e-06
NC_000014.8 C14orf43 1.46e-01 8.06e-11 3.00e-06
NC_000015.9 CSNK1G1 1.19e-01 8.96e-11 3.00e-06
NC_000008.10 GPT 1.63e-01 9.61e-11 3.00e-06
NC_000019.9 MZF1 2.39e-01 1.00e-10 3.00e-06
NC_000019.9 MZF1 2.75e-01 1.19e-10 3.21e-06
NC_000017.10 PLD6 1.43e-01 1.21e-10 3.21e-06
NC_000022.10 TUBGCP6 1.04e-01 1.78e-10 4.46e-06
NC_000008.10 LOC728024 1.23e-01 1.99e-10 4.73e-06
NC_000008.10 GPT 1.54e-01 2.23e-10 4.83e-06
NC_000019.9 ZNF615 1.69e-01 2.25e-10 4.83e-06
NC_000019.9 SH3GL1 1.63e-01 3.06e-10 6.26e-06
NC_000006.11 STK19 1.73e-01 3.20e-10 6.26e-06
NC_000008.10 GPT 2.17e-01 3.35e-10 6.29e-06
NC_000002.11 TMEM198 1.03e-01 3.72e-10 6.63e-06
NC_000006.11 STK19 1.66e-01 3.84e-10 6.63e-06
NC_000020.10 PPDPF 1.30e-01 3.97e-10 6.63e-06
NC_000006.11 STK19 1.96e-01 4.97e-10 8.00e-06
NC_000006.11 STK19 1.66e-01 5.71e-10 8.43e-06
NC_000006.11 STK19 1.97e-01 5.80e-10 8.43e-06
NC_000006.11 STK19 2.00e-01 7.14e-10 1.00e-05
NC_000008.10 LRRC24 1.48e-01 8.01e-10 1.06e-05
NC_000012.11 GALNT9 8.77e-02 8.71e-10 1.11e-05
NC_000008.10 LRRC24 1.96e-01 9.07e-10 1.11e-05
NC_000004.11 SLC26A1 6.48e-02 9.09e-10 1.11e-05
NC_000002.11 FMNL2 1.11e-01 9.76e-10 1.16e-05
NC_000005.9 FBXO4 6.34e-02 1.18e-09 1.36e-05
NC_000011.9 BRSK2 1.48e-01 1.25e-09 1.38e-05
NC_000013.10 ATP11A 2.08e-01 1.26e-09 1.38e-05
NC_000017.10 PLD6 1.33e-01 1.37e-09 1.44e-05
NC_000006.11 STK19 1.45e-01 1.38e-09 1.44e-05
NC_000012.11 IRAK3 1.11e-01 1.48e-09 1.47e-05
NC_000006.11 STK19 1.70e-01 1.50e-09 1.47e-05
NC_000010.10 COMMD3 1.04e-01 1.60e-09 1.54e-05
NC_000016.9 LUC7L 1.58e-01 1.64e-09 1.54e-05
NC_000006.11 STK19 1.83e-01 1.80e-09 1.66e-05
NC_000008.10 DENND3 4.39e-02 1.92e-09 1.73e-05
NC_000017.10 RAP1GAP2 1.76e-01 2.09e-09 1.81e-05
NC_000019.9 MAP3K10 1.33e-01 2.46e-09 2.09e-05
NC_000006.11 C6orf142 6.26e-02 2.57e-09 2.14e-05
NC_000010.10 JAKMIP3 7.32e-02 2.65e-09 2.17e-05
NC_000020.10 ZMYND8 1.08e-01 2.93e-09 2.25e-05
NC_000006.11 ZBTB22 6.93e-02 2.94e-09 2.25e-05
NC_000017.10 ULK2 9.76e-02 3.14e-09 2.36e-05
NC_000001.10 SKI 1.19e-01 3.24e-09 2.39e-05
NC_000006.11 STK19 8.42e-02 3.42e-09 2.48e-05
NC_000007.13 MAD1L1 1.54e-01 3.64e-09 2.56e-05
NC_000020.10 GMEB2 1.81e-01 3.72e-09 2.58e-05
NC_000017.10 PLD6 9.34e-02 3.94e-09 2.69e-05
NC_000016.9 RNF40 6.96e-02 4.14e-09 2.71e-05
NC_000001.10 EFHD2 4.46e-02 4.14e-09 2.71e-05
NC_000007.13 MAD1L1 1.52e-01 4.25e-09 2.73e-05
NC_000014.8 INF2 8.62e-02 4.31e-09 2.74e-05
NC_000014.8 INF2 1.07e-01 4.75e-09 2.93e-05
NC_000006.11 STK19 1.21e-01 5.29e-09 3.20e-05
NC_000003.11 TUSC4 1.18e-01 5.67e-09 3.31e-05
NC_000019.9 ADAMTS10 2.73e-01 5.77e-09 3.31e-05
NC_000012.11 MYL6B 9.29e-02 5.95e-09 3.31e-05
NC_000001.10 B4GALT2 1.70e-01 5.98e-09 3.31e-05
NC_000014.8 INF2 1.27e-01 6.03e-09 3.31e-05
NC_000019.9 MZF1 1.00e-01 6.14e-09 3.33e-05
NC_000017.10 TOM1L2 6.64e-02 6.40e-09 3.36e-05
NC_000019.9 MAP3K10 1.75e-01 6.47e-09 3.36e-05
NC_000005.9 KIAA0947 1.84e-01 6.54e-09 3.36e-05
NC_000001.10 S100A5 1.04e-01 6.56e-09 3.36e-05
NC_000001.10 CACYBP 1.05e-01 6.76e-09 3.42e-05
NC_000015.9 RHCG 1.16e-01 6.95e-09 3.45e-05
NC_000005.9 FCHSD1 -1.45e-01 6.98e-09 3.45e-05
NC_000001.10 HIST2H2AB 8.37e-02 7.17e-09 3.46e-05
NC_000014.8 ANKRD9 9.58e-02 7.17e-09 3.46e-05
NC_000015.9 PAK6 7.12e-02 7.31e-09 3.46e-05
NC_000003.11 ATRIP 6.92e-02 7.34e-09 3.46e-05
NC_000010.10 RNLS 9.89e-02 7.37e-09 3.46e-05
NC_000019.9 ZSCAN1 -1.11e-01 7.48e-09 3.47e-05
NC_000019.9 SBNO2 6.86e-02 7.83e-09 3.52e-05
NC_000007.13 TRRAP 5.00e-02 7.98e-09 3.52e-05
NC_000006.11 TNXB 1.08e-01 8.01e-09 3.52e-05
NC_000022.10 C22orf28 1.28e-01 8.19e-09 3.52e-05
NC_000005.9 EXOC3 1.14e-01 8.23e-09 3.52e-05
NC_000008.10 FAM83H 2.16e-01 8.29e-09 3.52e-05
NC_000003.11 PRRT3 1.12e-01 8.30e-09 3.52e-05
NC_000019.9 GGN 1.37e-01 8.36e-09 3.52e-05
NC_000006.11 C6orf154 1.13e-01 8.50e-09 3.54e-05
NC_000015.9 HDDC3 1.18e-01 8.58e-09 3.54e-05
NC_000019.9 SBNO2 8.56e-02 8.65e-09 3.54e-05
NC_000004.11 WHSC1 1.50e-01 8.85e-09 3.59e-05
NC_000001.10 SDCCAG8 1.18e-01 9.10e-09 3.66e-05
NC_000012.11 GALNT9 5.08e-02 1.02e-08 4.02e-05
NC_000006.11 STK19 1.05e-01 1.06e-08 4.14e-05
NC_000001.10 DHDDS 1.26e-01 1.11e-08 4.20e-05
NC_000009.11 FAM102A 9.42e-02 1.12e-08 4.22e-05
NC_000019.9 MAP3K10 1.12e-01 1.14e-08 4.25e-05
NC_000007.13 HEATR2 5.33e-02 1.16e-08 4.27e-05
NC_000016.9 CBFA2T3 2.62e-02 1.18e-08 4.31e-05
NC_000015.9 SELS 8.68e-02 1.24e-08 4.44e-05
NC_000006.11 AKIRIN2 2.13e-01 1.26e-08 4.44e-05
NC_000014.8 CLMN 9.12e-02 1.28e-08 4.46e-05
NC_000014.8 INF2 1.45e-01 1.30e-08 4.51e-05
NC_000017.10 CHRNE 1.08e-01 1.34e-08 4.57e-05
NC_000019.9 C19orf56 8.04e-02 1.35e-08 4.59e-05
NC_000019.9 STK11 6.62e-02 1.42e-08 4.77e-05
NC_000017.10 NAGLU 8.89e-02 1.43e-08 4.77e-05
NC_000006.11 TMEM63B 7.06e-02 1.45e-08 4.80e-05
NC_000019.9 MZF1 1.02e-01 1.47e-08 4.82e-05
NC_000015.9 LRRK1 1.18e-01 1.55e-08 5.01e-05
NC_000019.9 ADAMTS10 2.22e-01 1.57e-08 5.06e-05
NC_000001.10 C1orf192 -1.36e-01 1.61e-08 5.15e-05
NC_000002.11 CYP27A1 -1.15e-01 1.63e-08 5.17e-05
NC_000012.11 GPR133 1.86e-01 1.68e-08 5.25e-05
NC_000006.11 IL17F 1.28e-01 1.68e-08 5.25e-05
NC_000012.11 PGAM5 1.94e-01 1.74e-08 5.25e-05
NC_000001.10 GRRP1 6.20e-02 1.74e-08 5.25e-05
NC_000003.11 PRRT3 1.83e-01 1.74e-08 5.25e-05
NC_000017.10 ZZEF1 2.79e-02 1.75e-08 5.25e-05
NC_000004.11 CPLX1 1.59e-01 1.80e-08 5.34e-05
NC_000006.11 DOM3Z 1.33e-01 1.84e-08 5.35e-05
NC_000017.10 C17orf51 6.70e-02 1.87e-08 5.36e-05
NC_000005.9 SHROOM1 7.07e-02 1.89e-08 5.36e-05
NC_000017.10 RASD1 6.27e-02 1.90e-08 5.36e-05
NC_000012.11 SFRS8 9.01e-02 1.91e-08 5.36e-05
NC_000015.9 TMEM85 1.16e-01 2.01e-08 5.52e-05
NC_000007.13 RBM33 2.53e-02 2.08e-08 5.58e-05
NC_000005.9 ZNF354C 9.09e-02 2.08e-08 5.58e-05
NC_000012.11 VPS37B 1.59e-01 2.27e-08 5.78e-05
NC_000019.9 MBOAT7 1.69e-01 2.10e-08 5.59e-05
NC_000005.9 KIAA0947 7.98e-02 2.13e-08 5.64e-05
NC_000008.10 ZC3H3 1.12e-01 2.14e-08 5.64e-05
NC_000022.10 GP1BB 1.11e-01 2.17e-08 5.68e-05
NC_000016.9 PKD1 1.27e-01 2.20e-08 5.69e-05
NC_000011.9 NPAS4 1.22e-01 2.20e-08 5.69e-05
NC_000012.11 IRAK3 8.77e-02 2.24e-08 5.73e-05
NC_000017.10 TNK1 1.38e-01 2.30e-08 5.78e-05
NC_000004.11 WHSC1 6.10e-02 2.30e-08 5.78e-05
NC_000014.8 ZBTB42 1.22e-01 2.39e-08 5.98e-05
NC_000019.9 ADAMTS10 9.41e-02 2.44e-08 5.98e-05
NC_000005.9 PCDHGA4 -5.29e-02 2.45e-08 5.98e-05
NC_000001.10 LGR6 1.52e-01 2.47e-08 5.98e-05
NC_000019.9 ZNF235 8.01e-02 2.48e-08 5.98e-05
NC_000006.11 C6orf154 1.08e-01 2.49e-08 5.98e-05
NC_000011.9 SLCO2B1 7.58e-02 2.50e-08 5.98e-05
NC_000004.11 WHSC1 1.54e-01 2.51e-08 5.99e-05
NC_000014.8 INF2 9.24e-02 2.62e-08 6.20e-05
NC_000007.13 MAD1L1 1.17e-01 2.64e-08 6.20e-05
NC_000017.10 SLC25A10 5.94e-02 2.64e-08 6.20e-05
NC_000010.10 PITRM1 8.36e-02 2.70e-08 6.27e-05
NC_000016.9 ZNF771 5.32e-02 2.73e-08 6.30e-05
NC_000007.13 SRRT 8.65e-02 2.76e-08 6.31e-05
NC_000012.11 GALNT9 1.18e-01 2.76e-08 6.31e-05
NC_000007.13 SMURF1 1.44e-01 2.85e-08 6.49e-05
NC_000001.10 C1orf35 1.07e-01 2.94e-08 6.61e-05
NC_000008.10 FAM83H 2.28e-01 2.94e-08 6.61e-05
NC_000019.9 ZC3H4 1.30e-01 2.97e-08 6.63e-05
NC_000016.9 FBXL19 1.29e-01 3.16e-08 6.87e-05
NC_000001.10 ACAP3 1.05e-01 3.23e-08 6.96e-05
NC_000016.9 JMJD8 7.54e-02 3.26e-08 6.97e-05
NC_000017.10 SLC46A1 6.50e-02 3.28e-08 6.97e-05
NC_000002.11 CCDC142 1.27e-01 3.32e-08 6.97e-05
NC_000012.11 RNFT2 1.17e-01 3.33e-08 6.97e-05
NC_000006.11 ZBTB22 1.03e-01 3.34e-08 6.97e-05
NC_000004.11 METTL14 9.02e-02 3.34e-08 6.97e-05
NC_000001.10 TRIM62 1.24e-01 3.35e-08 6.97e-05
NC_000009.11 ST6GALNAC6 8.81e-02 3.36e-08 6.97e-05
NC_000019.9 ATP8B3 6.69e-02 3.44e-08 7.02e-05
NC_000019.9 MZF1 1.02e-01 3.45e-08 7.02e-05
NC_000002.11 PARD3B -8.64e-02 3.47e-08 7.02e-05
NC_000020.10 EEF1A2 7.60e-02 3.47e-08 7.02e-05
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