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The table below details the source and basic information of this item.

Title Content
iBAD ID iBAD_0000292
Karyotype Trisomy 21
Type Methylation profiling by array
Diseases Down syndrome
Organism Homo sapiens
Tissue Brain
Cell Line Cerebral cortex
Platform GPL13534
Accession GSE74486
GEO Title Trans-effects of chromosome aneuploidies on DNA methylation patterns: DNA methylation analysis of Down syndrome in human brain tissues and cells
PMID 26607552
Article Title Trans effects of chromosome aneuploidies on DNA methylation patterns in human Down syndrome and mouse models
Author Mendioroz M, Do C, Jiang X, Liu C, Darbary HK, Lang CF, Lin J, Thomas A, Abu-Amero S, Stanier P, Temkin A, Yale A, Liu MM, Li Y, Salas M, Kerkel K, Capone G, Silverman W, Yu YE, Moore G, Wegiel J, Tycko B
GEO Link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE74486
Pub Link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26607552
FTP Download ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE74nnn/GSE74486/
SRA Run Selector -
SRP -

Differentially Expressed Genes

The gene expression matrix, up- and down-regulated gene list are provided. Click the three following options to download the corresponding list.

Gene ID Gene Name logFC P-value P-adj
NC_000019.9 MZF1 2.11e-01 2.11e-12 9.51e-07
NC_000006.11 STK19 9.64e-02 6.73e-11 1.11e-05
NC_000019.9 MZF1 1.09e-01 7.41e-11 1.11e-05
NC_000006.11 PNRC1 1.66e-01 1.98e-10 2.23e-05
NC_000008.10 LRRC14 2.11e-01 3.46e-10 2.93e-05
NC_000008.10 SPATC1 8.17e-02 3.90e-10 2.93e-05
NC_000019.9 PTPRS -1.39e-01 5.43e-10 3.33e-05
NC_000008.10 LRRC24 2.19e-01 7.39e-10 3.33e-05
NC_000008.10 GPT 1.56e-01 7.50e-10 3.33e-05
NC_000007.13 C7orf51 9.46e-02 8.67e-10 3.33e-05
NC_000019.9 C19orf54 5.98e-02 9.48e-10 3.33e-05
NC_000016.9 NOXO1 9.95e-02 1.30e-09 3.97e-05
NC_000019.9 DNM2 7.05e-02 1.32e-09 3.97e-05
NC_000012.11 COL2A1 6.95e-02 1.70e-09 4.79e-05
NC_000018.9 SERPINB2 1.03e-01 2.17e-09 5.43e-05
NC_000017.10 RDM1 8.34e-02 2.80e-09 6.33e-05
NC_000019.9 HMG20B 1.29e-01 2.96e-09 6.36e-05
NC_000006.11 ZBTB22 1.14e-01 3.39e-09 6.96e-05
NC_000012.11 IGF1 7.02e-02 3.79e-09 7.43e-05
NC_000002.11 SLC9A2 8.07e-02 4.02e-09 7.56e-05
NC_000006.11 C6orf154 1.11e-01 4.55e-09 7.97e-05
NC_000011.9 C11orf2 1.70e-01 4.62e-09 7.97e-05
NC_000001.10 LOC653566 7.85e-02 4.76e-09 7.97e-05
NC_000006.11 ZBTB22 9.97e-02 5.36e-09 8.39e-05
NC_000004.11 PRDM8 1.42e-01 5.67e-09 8.39e-05
NC_000006.11 STK19 2.04e-01 6.28e-09 8.77e-05
NC_000019.9 ZNF837 2.60e-01 7.13e-09 9.10e-05
NC_000016.9 CBFA2T3 7.06e-02 7.26e-09 9.10e-05
NC_000006.11 STK19 1.55e-01 7.56e-09 9.23e-05
NC_000011.9 TNNT3 1.15e-01 7.77e-09 9.23e-05
NC_000006.11 STK19 1.77e-01 8.20e-09 9.49e-05
NC_000019.9 ZNF837 2.42e-01 9.44e-09 1.06e-04
NC_000013.10 IL17D 5.16e-02 1.09e-08 1.12e-04
NC_000006.11 C6orf154 1.18e-01 1.12e-08 1.12e-04
NC_000008.10 LRRC24 1.75e-01 1.16e-08 1.12e-04
NC_000011.9 NAP1L4 6.01e-02 1.25e-08 1.13e-04
NC_000003.11 PRRT3 1.88e-01 1.25e-08 1.13e-04
NC_000015.9 KIF7 1.10e-01 1.30e-08 1.13e-04
NC_000007.13 COX19 6.59e-02 1.43e-08 1.21e-04
NC_000007.13 MYO1G 3.11e-01 1.48e-08 1.21e-04
NC_000019.9 MZF1 2.37e-01 1.54e-08 1.24e-04
NC_000020.10 DYNLRB1 -8.22e-02 1.65e-08 1.30e-04
NC_000006.11 SLC44A4 5.88e-02 1.68e-08 1.30e-04
NC_000006.11 TTBK1 5.68e-02 1.72e-08 1.30e-04
NC_000006.11 STK19 1.90e-01 1.72e-08 1.30e-04
NC_000011.9 GYLTL1B 1.88e-01 1.79e-08 1.31e-04
NC_000020.10 PROCR 8.39e-02 1.83e-08 1.31e-04
NC_000006.11 STK19 2.02e-01 1.86e-08 1.31e-04
NC_000019.9 PTPRS -7.32e-02 2.02e-08 1.34e-04
NC_000011.9 INS-IGF2 4.74e-02 2.03e-08 1.34e-04
NC_000007.13 MYO1G 1.51e-01 2.14e-08 1.38e-04
NC_000009.11 SLC34A3 7.02e-02 2.19e-08 1.38e-04
NC_000007.13 MYO1G 2.40e-01 2.19e-08 1.38e-04
NC_000006.11 PRSS16 1.09e-01 2.27e-08 1.40e-04
NC_000002.11 ESPNL 4.98e-02 2.35e-08 1.41e-04
NC_000022.10 CACNG2 5.44e-02 2.45e-08 1.42e-04
NC_000017.10 KRT27 5.89e-02 2.48e-08 1.42e-04
NC_000022.10 CPT1B 1.94e-01 2.51e-08 1.42e-04
NC_000006.11 ZBTB22 1.00e-01 2.54e-08 1.42e-04
NC_000003.11 OR5H15 7.85e-02 2.58e-08 1.42e-04
NC_000006.11 STK19 1.00e-01 2.63e-08 1.43e-04
NC_000003.11 PRRT3 2.27e-01 2.75e-08 1.46e-04
NC_000019.9 ZNF77 1.08e-01 2.77e-08 1.46e-04
NC_000007.13 KRBA1 9.33e-02 2.84e-08 1.47e-04
NC_000006.11 LOC285830 1.05e-01 3.01e-08 1.53e-04
NC_000005.9 ZNF354C 1.16e-01 3.34e-08 1.63e-04
NC_000012.11 COL2A1 2.11e-01 3.42e-08 1.63e-04
NC_000002.11 RDH14 1.40e-01 3.43e-08 1.63e-04
NC_000006.11 C6orf154 1.30e-01 3.49e-08 1.63e-04
NC_000011.9 OR8U8 1.08e-01 3.53e-08 1.63e-04
NC_000016.9 RPS15A 6.75e-02 3.53e-08 1.63e-04
NC_000004.11 ZNF595 6.36e-02 3.55e-08 1.63e-04
NC_000022.10 TNRC6B 1.36e-01 4.00e-08 1.81e-04
NC_000020.10 ASIP -1.79e-01 4.17e-08 1.84e-04
NC_000001.10 CDK11B 5.99e-02 4.22e-08 1.85e-04
NC_000001.10 LOC100133612 8.26e-02 4.47e-08 1.90e-04
NC_000007.13 RBM33 7.42e-02 4.53e-08 1.90e-04
NC_000022.10 CPT1B 2.41e-01 4.58e-08 1.90e-04
NC_000011.9 MOGAT2 1.22e-01 4.63e-08 1.90e-04
NC_000015.9 CYP1A1 1.02e-01 4.66e-08 1.90e-04
NC_000006.11 ZBTB22 1.14e-01 4.69e-08 1.90e-04
NC_000016.9 MTSS1L 1.98e-01 4.69e-08 1.90e-04
NC_000006.11 STK19 9.27e-02 4.76e-08 1.90e-04
NC_000020.10 CSTT 7.84e-02 4.77e-08 1.90e-04
NC_000008.10 LRRC24 7.54e-02 4.89e-08 1.94e-04
NC_000011.9 MAP3K11 2.04e-01 5.07e-08 1.96e-04
NC_000007.13 MYL7 8.08e-02 5.07e-08 1.96e-04
NC_000020.10 ATP5E 9.88e-02 5.08e-08 1.96e-04
NC_000001.10 OR4F5 9.01e-02 5.13e-08 1.96e-04
NC_000014.8 C14orf23 1.23e-01 5.21e-08 1.98e-04
NC_000006.11 DPCR1 4.70e-02 5.28e-08 1.98e-04
NC_000019.9 TMEM190 2.13e-01 5.60e-08 2.01e-04
NC_000001.10 CASZ1 1.01e-01 5.74e-08 2.01e-04
NC_000019.9 ZNF837 1.76e-01 5.74e-08 2.01e-04
NC_000020.10 COMMD7 9.68e-02 5.77e-08 2.01e-04
NC_000019.9 CEACAM5 3.67e-02 5.78e-08 2.01e-04
NC_000003.11 SLC12A8 5.99e-02 5.88e-08 2.02e-04
NC_000010.10 ZNF485 5.62e-02 5.99e-08 2.02e-04
NC_000003.11 RBM15B 9.66e-02 6.04e-08 2.02e-04
NC_000019.9 SPHK2 1.11e-01 6.05e-08 2.02e-04
NC_000011.9 OR4D11 4.98e-02 6.17e-08 2.05e-04
NC_000015.9 MAN2A2 1.76e-01 6.25e-08 2.06e-04
NC_000002.11 PTH2R 5.70e-02 6.35e-08 2.06e-04
NC_000019.9 TTC9B 5.13e-02 6.35e-08 2.06e-04
NC_000019.9 IZUMO1 5.57e-02 6.92e-08 2.16e-04
NC_000001.10 CASZ1 5.10e-02 7.15e-08 2.21e-04
NC_000001.10 ZNHIT6 1.26e-01 7.29e-08 2.22e-04
NC_000011.9 OR8U8 1.10e-01 7.34e-08 2.22e-04
NC_000007.13 CLIP2 3.78e-02 7.49e-08 2.25e-04
NC_000006.11 NKAPL 9.73e-02 7.85e-08 2.35e-04
NC_000001.10 ESPNP 2.06e-01 8.14e-08 2.42e-04
NC_000001.10 CR1L 1.70e-01 8.33e-08 2.46e-04
NC_000019.9 NCRNA00181 7.31e-02 8.42e-08 2.46e-04
NC_000007.13 LAMB4 6.18e-02 8.57e-08 2.48e-04
NC_000003.11 SST 6.93e-02 8.62e-08 2.48e-04
NC_000006.11 ZBTB22 6.32e-02 8.75e-08 2.48e-04
NC_000001.10 CASZ1 1.06e-01 9.66e-08 2.55e-04
NC_000018.9 LRRC30 6.65e-02 8.81e-08 2.48e-04
NC_000003.11 ZNF502 7.81e-02 8.86e-08 2.48e-04
NC_000008.10 GPT 8.88e-02 8.93e-08 2.48e-04
NC_000002.11 LOC151300 8.35e-02 8.96e-08 2.48e-04
NC_000006.11 ZBTB22 1.46e-01 9.03e-08 2.48e-04
NC_000009.11 WNK2 4.39e-02 9.05e-08 2.48e-04
NC_000005.9 CLPTM1L 8.30e-02 9.08e-08 2.48e-04
NC_000017.10 TOM1L2 1.00e-01 9.13e-08 2.48e-04
NC_000012.11 PDE6H 2.71e-02 9.27e-08 2.50e-04
NC_000017.10 TEKT3 7.81e-02 9.59e-08 2.55e-04
NC_000015.9 MPI 5.36e-02 9.73e-08 2.55e-04
NC_000009.11 STXBP1 3.84e-02 9.78e-08 2.55e-04
NC_000018.9 C18orf25 5.89e-02 1.02e-07 2.64e-04
NC_000009.11 LCN15 6.03e-02 1.05e-07 2.69e-04
NC_000004.11 MXD4 8.78e-02 1.06e-07 2.70e-04
NC_000012.11 SMUG1 7.98e-02 1.07e-07 2.71e-04
NC_000004.11 ZNF518B 8.99e-02 1.08e-07 2.72e-04
NC_000019.9 ZNF331 1.32e-01 1.11e-07 2.73e-04
NC_000006.11 TNXB 6.33e-02 1.12e-07 2.73e-04
NC_000006.11 BAT3 6.33e-02 1.12e-07 2.73e-04
NC_000013.10 LOC100190939 -8.98e-02 1.12e-07 2.73e-04
NC_000005.9 HCN1 8.05e-02 1.12e-07 2.73e-04
NC_000015.9 SPATA8 7.49e-02 1.13e-07 2.73e-04
NC_000016.9 AMDHD2 1.32e-01 1.15e-07 2.73e-04
NC_000014.8 MIR412 5.38e-02 1.15e-07 2.73e-04
NC_000002.11 NCL 8.14e-02 1.15e-07 2.73e-04
NC_000017.10 KRT28 8.17e-02 1.16e-07 2.73e-04
NC_000011.9 SLC35C1 6.43e-02 1.17e-07 2.73e-04
NC_000019.9 ZNF507 6.10e-02 1.18e-07 2.74e-04
NC_000006.11 ZBTB22 8.32e-02 1.21e-07 2.77e-04
NC_000006.11 HTR1E 1.14e-01 1.25e-07 2.82e-04
NC_000003.11 PODXL2 7.82e-02 1.26e-07 2.82e-04
NC_000019.9 FAM71E2 5.80e-02 1.29e-07 2.85e-04
NC_000006.11 NKAPL 8.07e-02 1.30e-07 2.85e-04
NC_000015.9 SNORD115-40 8.08e-02 1.30e-07 2.86e-04
NC_000011.9 CHCHD8 4.18e-02 1.33e-07 2.89e-04
NC_000006.11 GPX6 7.50e-02 1.34e-07 2.90e-04
NC_000006.11 RBM24 1.30e-01 1.36e-07 2.90e-04
NC_000001.10 ATF3 5.93e-02 1.38e-07 2.90e-04
NC_000007.13 MYO1G 1.65e-01 1.39e-07 2.90e-04
NC_000008.10 FAM83H 2.51e-01 1.41e-07 2.90e-04
NC_000001.10 FAM20B 5.08e-02 1.41e-07 2.90e-04
NC_000002.11 ECEL1P2 2.78e-01 1.41e-07 2.90e-04
NC_000022.10 CACNA1I 5.18e-02 1.42e-07 2.91e-04
NC_000011.9 MS4A8B 7.09e-02 1.46e-07 2.94e-04
NC_000006.11 SCAND3 8.19e-02 1.47e-07 2.94e-04
NC_000019.9 GLTSCR1 4.16e-02 1.47e-07 2.94e-04
NC_000007.13 GCK 5.33e-02 1.49e-07 2.94e-04
NC_000001.10 ROR1 3.00e-02 1.49e-07 2.94e-04
NC_000003.11 PRRT3 8.38e-02 1.53e-07 2.95e-04
NC_000008.10 LOC100130274 1.43e-01 1.53e-07 2.95e-04
NC_000003.11 CELSR3 7.66e-02 1.55e-07 2.96e-04
NC_000003.11 MYL3 6.24e-02 1.56e-07 2.96e-04
NC_000006.11 ZBTB22 1.26e-01 1.56e-07 2.96e-04
NC_000017.10 TBC1D3C 4.92e-02 1.60e-07 2.97e-04
NC_000016.9 CA5A 5.42e-02 1.60e-07 2.97e-04
NC_000019.9 TMEM190 8.29e-02 1.62e-07 3.00e-04
NC_000001.10 ESPNP 5.14e-02 1.65e-07 3.02e-04
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NC_000009.11 KCNT1 1.13e-01 1.71e-07 3.08e-04
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