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Basic Information

The table below details the source and basic information of this item.

Title Content
iBAD ID iBAD_0000291
Karyotype Trisomy 21
Type Methylation profiling by array
Diseases Down syndrome
Organism Homo sapiens
Tissue Brain
Cell Line Cerebellum
Platform GPL13534
Accession GSE74486
GEO Title Trans-effects of chromosome aneuploidies on DNA methylation patterns: DNA methylation analysis of Down syndrome in human brain tissues and cells
PMID 26607552
Article Title Trans effects of chromosome aneuploidies on DNA methylation patterns in human Down syndrome and mouse models
Author Mendioroz M, Do C, Jiang X, Liu C, Darbary HK, Lang CF, Lin J, Thomas A, Abu-Amero S, Stanier P, Temkin A, Yale A, Liu MM, Li Y, Salas M, Kerkel K, Capone G, Silverman W, Yu YE, Moore G, Wegiel J, Tycko B
GEO Link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE74486
Pub Link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26607552
FTP Download ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE74nnn/GSE74486/
SRA Run Selector -
SRP -

Differentially Expressed Genes

The gene expression matrix, up- and down-regulated gene list are provided. Click the three following options to download the corresponding list.

Gene ID Gene Name logFC P-value P-adj
NC_000015.9 LOC100132724 -4.56e-01 4.80e-08 0.0116
NC_000017.10 ACE 2.95e-01 1.10e-07 0.0116
NC_000018.9 FHOD3 4.04e-01 1.48e-07 0.0116
NC_000015.9 OCA2 -4.01e-01 1.50e-07 0.0116
NC_000016.9 WFDC1 3.74e-01 1.54e-07 0.0116
NC_000012.11 DYRK4 -3.95e-01 1.67e-07 0.0116
NC_000006.11 HLA-DQA1 -6.89e-01 5.29e-07 0.0286
NC_000001.10 MIR488 3.47e-01 8.47e-07 0.039
NC_000019.9 ZNF443 3.55e-01 9.04e-07 0.039
NC_000005.9 TGFBI 3.17e-01 1.24e-06 0.039
NC_000006.11 HLA-DQB1 2.32e-01 1.58e-06 0.039
NC_000007.13 GAL3ST4 1.88e-01 1.86e-06 0.039
NC_000004.11 PDE6B 2.98e-01 1.89e-06 0.039
NC_000015.9 LOXL1 1.59e-01 1.95e-06 0.039
NC_000008.10 FAM83H 4.60e-01 2.02e-06 0.039
NC_000012.11 CTDSP2 -1.68e-01 2.06e-06 0.039
NC_000011.9 NADSYN1 -3.27e-01 2.07e-06 0.039
NC_000001.10 SELENBP1 1.81e-01 2.10e-06 0.039
NC_000006.11 TNXB 3.09e-01 2.13e-06 0.039
NC_000020.10 COL20A1 -3.38e-01 2.17e-06 0.039
NC_000007.13 RADIL -2.91e-01 2.44e-06 0.0394
NC_000008.10 WISP1 2.17e-01 2.60e-06 0.0394
NC_000019.9 ZNF573 -4.03e-01 2.70e-06 0.0394
NC_000006.11 TNXB 2.50e-01 2.83e-06 0.0394
NC_000015.9 LOXL1 2.59e-01 2.91e-06 0.0394
NC_000001.10 MEGF6 3.52e-01 3.08e-06 0.0394
NC_000002.11 LOC150527 1.34e-01 3.27e-06 0.0404
NC_000019.9 JSRP1 3.73e-01 3.33e-06 0.0404
NC_000001.10 PRDM16 1.60e-01 3.41e-06 0.0404
NC_000003.11 VEPH1 1.27e-01 4.15e-06 0.0457
NC_000012.11 KRT82 -3.10e-01 4.57e-06 0.0459
NC_000006.11 LOC285733 -3.00e-01 4.60e-06 0.0459
NC_000019.9 MYH14 4.02e-01 4.83e-06 0.0469
NC_000001.10 TAS1R1 1.81e-01 5.47e-06 0.05
NC_000012.11 SP7 2.00e-01 5.58e-06 0.05
NC_000004.11 FRAS1 1.68e-01 5.83e-06 0.05
NC_000019.9 JSRP1 2.15e-01 6.10e-06 0.05
NC_000001.10 LDLRAD1 1.98e-01 6.25e-06 0.05
NC_000019.9 AMH 3.04e-01 6.59e-06 0.05
NC_000006.11 HIST1H2BK 1.84e-01 6.73e-06 0.05
NC_000001.10 SLC2A7 2.14e-01 6.97e-06 0.05
NC_000001.10 TMCO4 1.27e-01 6.98e-06 0.05
NC_000019.9 NCLN -1.34e-01 7.07e-06 0.05
NC_000004.11 REST 1.85e-01 7.86e-06 0.05
NC_000004.11 SHROOM3 1.70e-01 7.96e-06 0.05
NC_000010.10 PFKP -4.14e-01 8.36e-06 0.05
NC_000008.10 PEBP4 -2.65e-01 8.41e-06 0.05
NC_000016.9 ITGAL 1.27e-01 8.46e-06 0.05
NC_000014.8 JUB 2.71e-01 8.78e-06 0.05
NC_000007.13 SLC4A2 1.78e-01 8.85e-06 0.05
NC_000022.10 CPT1B 4.24e-01 8.89e-06 0.05
NC_000007.13 LOC154822 1.69e-01 8.96e-06 0.05
NC_000015.9 ACSBG1 1.69e-01 9.04e-06 0.05
NC_000019.9 PRKACA 1.67e-01 9.39e-06 0.05
NC_000017.10 CYB561 1.46e-01 9.49e-06 0.05
NC_000012.11 TAC3 1.31e-01 9.76e-06 0.05
NC_000014.8 SFRS5 -1.51e-01 9.81e-06 0.05
NC_000002.11 CNTNAP5 3.85e-01 1.01e-05 0.05
NC_000003.11 SEMA3B 2.08e-01 1.03e-05 0.05
NC_000008.10 FAM83H 3.83e-01 1.03e-05 0.05
NC_000016.9 MSLNL 2.45e-01 1.05e-05 0.05
NC_000019.9 SLC5A5 2.00e-01 1.06e-05 0.05
NC_000001.10 NFIA 2.96e-01 1.06e-05 0.05
NC_000015.9 KIF7 2.41e-01 1.07e-05 0.05
NC_000019.9 C19orf23 -1.06e-01 1.07e-05 0.05
NC_000008.10 RHPN1 2.05e-01 1.13e-05 0.0513
NC_000003.11 DNAH1 2.66e-01 1.17e-05 0.0513
NC_000011.9 SIGIRR 2.30e-01 1.18e-05 0.0513
NC_000022.10 TOP3B 3.08e-01 1.20e-05 0.0513
NC_000019.9 CEACAM5 2.41e-01 1.21e-05 0.0513
NC_000013.10 DGKH -2.95e-01 1.22e-05 0.0513
NC_000019.9 CAPN12 1.72e-01 1.23e-05 0.0513
NC_000016.9 C1QTNF8 3.14e-01 1.24e-05 0.0513
NC_000019.9 CEACAM5 1.16e-01 1.27e-05 0.0513
NC_000019.9 CRLF1 2.11e-01 1.28e-05 0.0513
NC_000011.9 LRP5 1.47e-01 1.29e-05 0.0513
NC_000001.10 ACOT11 2.62e-01 1.32e-05 0.0513
NC_000001.10 CSF3R 1.79e-01 1.32e-05 0.0513
NC_000020.10 COL20A1 -4.50e-01 1.33e-05 0.0513
NC_000006.11 FILIP1 2.18e-01 1.34e-05 0.0513
NC_000012.11 HNF1A 1.60e-01 1.35e-05 0.0513
NC_000012.11 SP7 1.64e-01 1.35e-05 0.0513
NC_000020.10 COL20A1 -2.20e-01 1.37e-05 0.0513
NC_000017.10 TNFRSF13B 2.32e-01 1.40e-05 0.0513
NC_000010.10 CHAT 1.71e-01 1.42e-05 0.0513
NC_000011.9 VWCE -1.46e-01 1.42e-05 0.0513
NC_000011.9 LRRC32 1.47e-01 1.46e-05 0.0513
NC_000021.8 WRB 1.11e-01 1.49e-05 0.0513
NC_000010.10 PFKP -4.80e-01 1.55e-05 0.0513
NC_000005.9 ECSCR 1.50e-01 1.57e-05 0.0513
NC_000001.10 ARHGEF16 3.50e-01 1.61e-05 0.0513
NC_000001.10 DHRS3 2.28e-01 1.66e-05 0.0513
NC_000010.10 PFKP -4.14e-01 1.69e-05 0.0513
NC_000015.9 GNB5 -1.59e-01 1.69e-05 0.0513
NC_000004.11 MAEA -2.62e-01 1.71e-05 0.0513
NC_000019.9 CEACAM6 1.77e-01 1.72e-05 0.0513
NC_000015.9 SMAD3 1.10e-01 1.73e-05 0.0513
NC_000002.11 FAM176A 1.74e-01 1.74e-05 0.0513
NC_000003.11 IL5RA 1.42e-01 1.74e-05 0.0513
NC_000019.9 S1PR5 1.63e-01 1.74e-05 0.0513
NC_000008.10 FAM83H 4.17e-01 1.77e-05 0.0513
NC_000019.9 MAG 1.94e-01 1.77e-05 0.0513
NC_000016.9 C1QTNF8 1.93e-01 1.79e-05 0.0513
NC_000019.9 C2CD4C 1.27e-01 1.81e-05 0.0513
NC_000014.8 ASPG 1.97e-01 1.81e-05 0.0513
NC_000007.13 PTPRN2 1.84e-01 1.86e-05 0.0513
NC_000002.11 CYP26B1 1.48e-01 1.86e-05 0.0513
NC_000020.10 BPI 1.59e-01 1.87e-05 0.0513
NC_000006.11 PRSS16 1.86e-01 1.88e-05 0.0513
NC_000011.9 IFITM5 1.75e-01 1.88e-05 0.0513
NC_000011.9 CABP2 1.34e-01 1.88e-05 0.0513
NC_000015.9 SMAD3 1.56e-01 1.90e-05 0.0513
NC_000017.10 SERPINF1 2.24e-01 1.91e-05 0.0513
NC_000006.11 CLIC1 1.59e-01 1.93e-05 0.0513
NC_000005.9 SYNPO -2.48e-01 1.94e-05 0.0513
NC_000010.10 MMRN2 1.44e-01 1.95e-05 0.0513
NC_000007.13 EIF2AK1 -1.19e-01 1.96e-05 0.0513
NC_000001.10 AGRN 2.19e-01 1.98e-05 0.0514
NC_000003.11 PRRT3 2.01e-01 2.00e-05 0.0515
NC_000012.11 HNF1A 1.35e-01 2.05e-05 0.0521
NC_000022.10 CPT1B 4.54e-01 2.06e-05 0.0521
NC_000001.10 LAMC1 1.47e-01 2.10e-05 0.0522
NC_000010.10 CHAT 2.09e-01 2.10e-05 0.0522
NC_000018.9 ATP5A1 -2.49e-01 2.13e-05 0.0522
NC_000012.11 DNAH10 -1.83e-01 2.15e-05 0.0522
NC_000015.9 BNC1 1.88e-01 2.18e-05 0.0524
NC_000002.11 CAPN13 1.15e-01 2.20e-05 0.0527
NC_000022.10 CPT1B 4.54e-01 2.25e-05 0.0528
NC_000001.10 NTRK1 1.94e-01 2.25e-05 0.0528
NC_000001.10 ARHGEF16 3.09e-01 2.26e-05 0.0528
NC_000002.11 SLC30A3 2.16e-01 2.30e-05 0.0528
NC_000010.10 HKDC1 1.86e-01 2.32e-05 0.0528
NC_000005.9 DOK3 1.21e-01 2.33e-05 0.0528
NC_000022.10 CACNA1I 1.17e-01 2.34e-05 0.0528
NC_000011.9 SHANK2 1.44e-01 2.34e-05 0.0528
NC_000007.13 PTPRN2 1.88e-01 2.35e-05 0.0528
NC_000009.11 LMX1B 2.44e-01 2.36e-05 0.0528
NC_000010.10 MYOZ1 1.47e-01 2.38e-05 0.0531
NC_000006.11 RNF39 1.40e-01 2.46e-05 0.054
NC_000017.10 CD68 1.06e-01 2.49e-05 0.0544
NC_000001.10 PLEKHN1 1.68e-01 2.57e-05 0.0549
NC_000020.10 TCF15 9.39e-02 2.58e-05 0.0549
NC_000017.10 ATP2A3 1.42e-01 2.58e-05 0.0549
NC_000011.9 MAP3K11 1.17e-01 2.67e-05 0.0549
NC_000021.8 KCNJ15 2.30e-01 2.67e-05 0.0549
NC_000001.10 TAF12 1.20e-01 2.70e-05 0.0549
NC_000008.10 ANGPT1 1.72e-01 2.70e-05 0.0549
NC_000019.9 GRIN3B 1.99e-01 2.73e-05 0.0549
NC_000019.9 THEG 1.93e-01 2.74e-05 0.0549
NC_000011.9 LTBP3 1.19e-01 2.74e-05 0.0549
NC_000010.10 CHAT 2.36e-01 2.78e-05 0.0549
NC_000016.9 PLLP 2.14e-01 2.80e-05 0.0549
NC_000012.11 SMAGP -2.22e-01 2.80e-05 0.0549
NC_000009.11 NINJ1 1.03e-01 2.80e-05 0.0549
NC_000001.10 MTMR9L 1.51e-01 2.81e-05 0.0549
NC_000005.9 MYOT 1.45e-01 2.81e-05 0.0549
NC_000017.10 NTN1 1.30e-01 2.87e-05 0.0549
NC_000003.11 CIDEC 9.58e-02 2.93e-05 0.0549
NC_000001.10 CD58 1.07e-01 2.99e-05 0.0549
NC_000019.9 RCN3 1.44e-01 3.00e-05 0.0549
NC_000005.9 CAMK2A 1.35e-01 3.00e-05 0.0549
NC_000004.11 SHROOM3 2.05e-01 3.01e-05 0.0549
NC_000001.10 PADI3 1.66e-01 3.01e-05 0.0549
NC_000021.8 CBR3 1.86e-01 3.02e-05 0.0549
NC_000005.9 MIR145 1.41e-01 3.04e-05 0.0549
NC_000010.10 MYOZ1 9.64e-02 3.05e-05 0.0549
NC_000011.9 SYTL2 -9.35e-02 3.05e-05 0.0549
NC_000003.11 MASP1 1.16e-01 3.08e-05 0.0549
NC_000019.9 PRAM1 9.14e-02 3.08e-05 0.0549
NC_000019.9 LRRC25 1.50e-01 3.09e-05 0.0549
NC_000016.9 ITGAD 2.00e-01 3.10e-05 0.0549
NC_000008.10 FLJ43860 1.60e-01 3.11e-05 0.0549
NC_000002.11 LIMS2 1.82e-01 3.12e-05 0.0549
NC_000001.10 NPR1 9.34e-02 3.14e-05 0.0549
NC_000017.10 NXN 1.57e-01 3.14e-05 0.0549
NC_000017.10 CACNG1 1.15e-01 3.16e-05 0.0549
NC_000019.9 SIGLEC11 1.22e-01 3.19e-05 0.0552
NC_000009.11 SLC34A3 1.53e-01 3.20e-05 0.0552
NC_000011.9 LRRC55 1.48e-01 3.20e-05 0.0552
NC_000008.10 SGK196 -2.71e-01 3.24e-05 0.0553
NC_000016.9 TPSG1 2.21e-01 3.31e-05 0.0562
NC_000013.10 PCDH9 1.47e-01 3.33e-05 0.0562
NC_000001.10 C1orf162 1.04e-01 3.36e-05 0.0562
NC_000006.11 HLA-DPB1 -2.26e-01 3.37e-05 0.0562
NC_000017.10 ASGR2 1.14e-01 3.40e-05 0.0562
NC_000010.10 CHAT 2.19e-01 3.43e-05 0.0562
NC_000013.10 ADPRHL1 1.46e-01 3.43e-05 0.0562
NC_000020.10 TGM3 2.04e-01 3.44e-05 0.0562
NC_000001.10 PDE4DIP 1.34e-01 3.45e-05 0.0562
NC_000001.10 ERI3 -1.82e-01 3.48e-05 0.0562
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