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Basic Information

The table below details the source and basic information of this item.

Title Content
iBAD ID iBAD_0000289
Karyotype Trisomy 21
Type Methylation profiling by genome tiling array
Diseases Down syndrome
Organism Homo sapiens
Tissue Brain
Cell Line Cerebral cortex
Platform GPL13534
Accession GSE74486
GEO Title Trans-effects of chromosome aneuploidies on DNA methylation patterns: DNA methylation analysis of Down syndrome in human brain tissues and cells
PMID 26607552
Article Title Trans effects of chromosome aneuploidies on DNA methylation patterns in human Down syndrome and mouse models
Author Mendioroz M, Do C, Jiang X, Liu C, Darbary HK, Lang CF, Lin J, Thomas A, Abu-Amero S, Stanier P, Temkin A, Yale A, Liu MM, Li Y, Salas M, Kerkel K, Capone G, Silverman W, Yu YE, Moore G, Wegiel J, Tycko B
GEO Link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE74486
Pub Link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26607552
FTP Download ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE74nnn/GSE74486/
SRA Run Selector -
SRP -

Differentially Expressed Genes

The gene expression matrix, up- and down-regulated gene list are provided. Click the three following options to download the corresponding list.

Gene ID Gene Name logFC P-value P-adj
NC_000020.10 DYNLRB1 -8.51e-02 1.48e-13 6.65e-08
NC_000008.10 LRRC24 1.44e-01 8.42e-13 1.89e-07
NC_000011.9 C11orf61 -7.85e-02 2.02e-12 3.01e-07
NC_000006.11 ZBTB22 9.10e-02 7.48e-12 7.00e-07
NC_000019.9 MZF1 1.32e-01 7.85e-12 7.00e-07
NC_000019.9 JSRP1 1.79e-01 9.98e-12 7.00e-07
NC_000008.10 LRRC24 1.58e-01 1.20e-11 7.00e-07
NC_000008.10 LRRC14 1.62e-01 1.25e-11 7.00e-07
NC_000006.11 ZBTB22 1.46e-01 1.93e-11 9.62e-07
NC_000006.11 ZBTB22 7.95e-02 2.60e-11 1.12e-06
NC_000022.10 CPT1B 2.44e-01 2.75e-11 1.12e-06
NC_000016.9 JMJD8 2.21e-01 3.03e-11 1.13e-06
NC_000006.11 ZBTB22 9.93e-02 3.77e-11 1.17e-06
NC_000022.10 CPT1B 2.26e-01 3.86e-11 1.17e-06
NC_000006.11 STK19 1.54e-01 3.90e-11 1.17e-06
NC_000006.11 ZBTB22 1.15e-01 4.40e-11 1.22e-06
NC_000022.10 CPT1B 2.62e-01 4.73e-11 1.22e-06
NC_000006.11 ZBTB22 9.60e-02 4.91e-11 1.22e-06
NC_000006.11 STK19 1.22e-01 5.63e-11 1.27e-06
NC_000019.9 MZF1 1.33e-01 5.66e-11 1.27e-06
NC_000003.11 CELSR3 1.65e-01 7.22e-11 1.47e-06
NC_000022.10 CPT1B 1.56e-01 7.72e-11 1.51e-06
NC_000006.11 PNRC1 1.02e-01 8.32e-11 1.55e-06
NC_000006.11 ZBTB22 6.40e-02 1.02e-10 1.84e-06
NC_000019.9 MZF1 1.92e-01 1.12e-10 1.86e-06
NC_000006.11 ZBTB22 1.80e-01 1.19e-10 1.88e-06
NC_000022.10 CPT1B 2.95e-01 1.22e-10 1.88e-06
NC_000006.11 ZBTB22 1.34e-01 1.38e-10 2.00e-06
NC_000006.11 ZBTB22 7.78e-02 1.53e-10 2.14e-06
NC_000003.11 GPX1 4.72e-02 2.18e-10 2.87e-06
NC_000006.11 ZBTB22 1.01e-01 2.52e-10 3.09e-06
NC_000011.9 ACTN3 1.37e-01 2.55e-10 3.09e-06
NC_000021.8 WRB 6.42e-02 2.56e-10 3.09e-06
NC_000003.11 AMIGO3 7.71e-02 2.61e-10 3.09e-06
NC_000016.9 JMJD8 8.56e-02 3.09e-10 3.47e-06
NC_000019.9 ZNF837 1.92e-01 3.10e-10 3.47e-06
NC_000016.9 NOXO1 1.03e-01 3.58e-10 3.79e-06
NC_000006.11 B3GALT4 5.29e-02 3.67e-10 3.79e-06
NC_000012.11 VPS37B 1.27e-01 3.72e-10 3.79e-06
NC_000006.11 STK19 1.59e-01 4.21e-10 4.11e-06
NC_000006.11 ZBTB22 1.39e-01 4.13e-10 4.11e-06
NC_000011.9 MTL5 1.16e-01 4.50e-10 4.30e-06
NC_000006.11 DDAH2 6.43e-02 4.94e-10 4.56e-06
NC_000022.10 CPT1B 1.37e-01 4.98e-10 4.56e-06
NC_000019.9 ZNF837 2.48e-01 5.26e-10 4.72e-06
NC_000019.9 JSRP1 1.12e-01 5.59e-10 4.91e-06
NC_000022.10 CPT1B 2.69e-01 5.72e-10 4.93e-06
NC_000006.11 ZBTB22 8.68e-02 6.00e-10 5.00e-06
NC_000021.8 RRP1B 8.50e-02 6.09e-10 5.00e-06
NC_000003.11 PRRT3 1.86e-01 6.27e-10 5.00e-06
NC_000019.9 FKRP 8.90e-02 6.36e-10 5.00e-06
NC_000021.8 WRB 6.04e-02 6.36e-10 5.00e-06
NC_000003.11 CELSR3 9.67e-02 6.68e-10 5.17e-06
NC_000022.10 CPT1B 2.68e-01 7.29e-10 5.54e-06
NC_000018.9 RAX 9.94e-02 7.56e-10 5.66e-06
NC_000003.11 VWA5B2 9.44e-02 1.02e-09 7.47e-06
NC_000008.10 LRRC24 9.27e-02 1.05e-09 7.60e-06
NC_000014.8 TMEM121 7.74e-02 1.25e-09 8.90e-06
NC_000006.11 ZBTB22 1.05e-01 1.27e-09 8.91e-06
NC_000012.11 VPS37B 1.12e-01 1.31e-09 9.03e-06
NC_000022.10 CPT1B 1.65e-01 1.36e-09 9.22e-06
NC_000003.11 PRRT3 1.19e-01 1.42e-09 9.49e-06
NC_000006.11 DOM3Z 1.31e-01 1.57e-09 1.03e-05
NC_000020.10 RTEL1 1.07e-01 1.67e-09 1.09e-05
NC_000019.9 MZF1 7.82e-02 1.75e-09 1.11e-05
NC_000006.11 STK19 1.40e-01 1.86e-09 1.15e-05
NC_000019.9 MZF1 1.86e-01 1.87e-09 1.15e-05
NC_000005.9 VDAC1 4.86e-02 1.93e-09 1.16e-05
NC_000007.13 COX19 7.02e-02 1.95e-09 1.16e-05
NC_000011.9 ACTN3 1.84e-01 2.06e-09 1.21e-05
NC_000022.10 CPT1B 1.83e-01 2.10e-09 1.22e-05
NC_000019.9 ZNF837 1.64e-01 2.24e-09 1.27e-05
NC_000017.10 MIR193A 5.07e-02 2.27e-09 1.27e-05
NC_000003.11 CELSR3 1.25e-01 2.28e-09 1.27e-05
NC_000005.9 VDAC1 6.47e-02 2.29e-09 1.27e-05
NC_000006.11 ZBTB22 1.44e-01 2.36e-09 1.28e-05
NC_000006.11 STK19 1.03e-01 2.37e-09 1.28e-05
NC_000019.9 AMH 1.12e-01 2.78e-09 1.47e-05
NC_000016.9 SLC5A2 9.44e-02 2.79e-09 1.47e-05
NC_000006.11 STK19 1.56e-01 2.82e-09 1.47e-05
NC_000019.9 ZNF837 2.09e-01 2.92e-09 1.50e-05
NC_000006.11 STK19 8.39e-02 3.02e-09 1.54e-05
NC_000006.11 STK19 9.34e-02 3.13e-09 1.58e-05
NC_000009.11 CLIC3 1.83e-01 3.40e-09 1.68e-05
NC_000006.11 STK19 8.33e-02 3.71e-09 1.79e-05
NC_000022.10 RNF185 -7.69e-02 3.96e-09 1.89e-05
NC_000016.9 JMJD8 5.75e-02 4.07e-09 1.92e-05
NC_000003.11 PRRT3 1.37e-01 4.17e-09 1.95e-05
NC_000018.9 RAX 1.40e-01 4.37e-09 2.00e-05
NC_000022.10 CPT1B 1.50e-01 4.95e-09 2.22e-05
NC_000007.13 CPA2 9.13e-02 5.40e-09 2.40e-05
NC_000008.10 FAM83H 2.87e-01 6.86e-09 2.93e-05
NC_000004.11 CPLX1 1.07e-01 6.92e-09 2.93e-05
NC_000010.10 DIP2C -9.84e-02 6.98e-09 2.93e-05
NC_000009.11 WDR85 1.06e-01 7.32e-09 3.04e-05
NC_000002.11 FBLN7 1.18e-01 7.58e-09 3.12e-05
NC_000008.10 FAM83H 2.05e-01 7.86e-09 3.21e-05
NC_000019.9 SHANK1 7.92e-02 8.70e-09 3.51e-05
NC_000005.9 GFRA3 6.83e-02 8.75e-09 3.51e-05
NC_000022.10 CPT1B 6.68e-02 9.03e-09 3.55e-05
NC_000006.11 B3GALT4 8.98e-02 9.31e-09 3.59e-05
NC_000002.11 ALPP 5.75e-02 9.37e-09 3.59e-05
NC_000006.11 STK19 8.87e-02 9.51e-09 3.62e-05
NC_000021.8 WRB 5.66e-02 9.66e-09 3.64e-05
NC_000003.11 GPX1 4.18e-02 1.00e-08 3.74e-05
NC_000002.11 C2orf27B 1.22e-01 1.05e-08 3.85e-05
NC_000012.11 VPS37B 1.28e-01 1.11e-08 4.00e-05
NC_000003.11 AMIGO3 1.75e-01 1.16e-08 4.14e-05
NC_000014.8 KLHDC2 -4.78e-02 1.19e-08 4.20e-05
NC_000016.9 ERN2 4.97e-02 1.21e-08 4.24e-05
NC_000006.11 ZBTB22 7.25e-02 1.23e-08 4.29e-05
NC_000013.10 GPC5 6.53e-02 1.28e-08 4.40e-05
NC_000001.10 VWA1 6.50e-02 1.30e-08 4.43e-05
NC_000020.10 ANGPT4 8.98e-02 1.31e-08 4.43e-05
NC_000017.10 MGAT5B 5.36e-02 1.43e-08 4.77e-05
NC_000002.11 CCDC142 1.22e-01 1.51e-08 4.97e-05
NC_000006.11 ZBTB22 1.03e-01 1.52e-08 4.97e-05
NC_000017.10 WNT3 6.51e-02 1.55e-08 5.00e-05
NC_000001.10 PEX10 1.25e-01 1.55e-08 5.00e-05
NC_000017.10 TEX14 7.86e-02 1.58e-08 5.06e-05
NC_000022.10 CPT1B 1.31e-01 1.59e-08 5.06e-05
NC_000019.9 AMH 1.60e-01 1.61e-08 5.10e-05
NC_000021.8 PRDM15 -4.91e-02 1.76e-08 5.53e-05
NC_000019.9 RYR1 9.61e-02 1.81e-08 5.53e-05
NC_000019.9 TMC4 6.05e-02 1.81e-08 5.53e-05
NC_000001.10 C1orf86 9.08e-02 1.85e-08 5.58e-05
NC_000011.9 ACTN3 8.08e-02 1.95e-08 5.85e-05
NC_000017.10 EXOC7 7.45e-02 2.01e-08 5.96e-05
NC_000011.9 ACTN3 1.07e-01 2.06e-08 6.05e-05
NC_000003.11 CELSR3 7.92e-02 2.06e-08 6.05e-05
NC_000017.10 OVCA2 3.84e-02 2.10e-08 6.12e-05
NC_000006.11 NKAPL 1.18e-01 2.12e-08 6.14e-05
NC_000019.9 AMH 7.77e-02 2.17e-08 6.24e-05
NC_000008.10 EEF1D -1.65e-01 2.23e-08 6.37e-05
NC_000007.13 C7orf52 1.06e-01 2.33e-08 6.55e-05
NC_000008.10 FAM83H 1.98e-01 2.34e-08 6.55e-05
NC_000019.9 BSG 2.79e-02 2.47e-08 6.90e-05
NC_000019.9 LMTK3 1.78e-01 2.54e-08 7.00e-05
NC_000019.9 SPHK2 1.06e-01 2.59e-08 7.07e-05
NC_000006.11 C6orf154 5.38e-02 2.62e-08 7.13e-05
NC_000002.11 LOC401010 6.26e-02 2.71e-08 7.23e-05
NC_000021.8 SUMO3 8.85e-02 2.72e-08 7.23e-05
NC_000009.11 CLIC3 1.14e-01 2.75e-08 7.26e-05
NC_000014.8 C14orf23 8.66e-02 2.80e-08 7.34e-05
NC_000011.9 NPAS4 1.31e-01 2.88e-08 7.51e-05
NC_000002.11 SPEG 4.95e-02 3.02e-08 7.80e-05
NC_000019.9 JSRP1 7.13e-02 3.16e-08 7.98e-05
NC_000015.9 CHRNB4 -4.10e-02 3.17e-08 7.98e-05
NC_000021.8 RUNX1 1.03e-01 3.22e-08 8.08e-05
NC_000003.11 VWA5B2 5.71e-02 3.26e-08 8.09e-05
NC_000017.10 C17orf44 5.80e-02 3.30e-08 8.13e-05
NC_000012.11 KRT72 5.83e-02 3.34e-08 8.13e-05
NC_000018.9 RAX 1.38e-01 3.39e-08 8.23e-05
NC_000002.11 LRP1B 3.64e-02 3.54e-08 8.53e-05
NC_000017.10 ARHGAP27 7.38e-02 3.71e-08 8.90e-05
NC_000002.11 TFCP2L1 9.18e-02 3.73e-08 8.90e-05
NC_000006.11 STK19 7.80e-02 3.79e-08 9.00e-05
NC_000017.10 ULK2 7.28e-02 3.82e-08 9.03e-05
NC_000017.10 RNF135 5.67e-02 3.91e-08 9.16e-05
NC_000003.11 VWA5B2 6.99e-02 3.92e-08 9.16e-05
NC_000018.9 PSMA8 7.34e-02 3.94e-08 9.16e-05
NC_000014.8 C14orf23 6.96e-02 4.04e-08 9.34e-05
NC_000003.11 VWA5B2 1.18e-01 4.08e-08 9.38e-05
NC_000017.10 ALOXE3 4.96e-02 4.15e-08 9.50e-05
NC_000006.11 C6orf154 6.27e-02 4.23e-08 9.63e-05
NC_000008.10 FAM83H 2.49e-01 4.43e-08 9.98e-05
NC_000012.11 DGKA 3.00e-02 4.44e-08 9.98e-05
NC_000012.11 PEBP1 7.01e-02 4.45e-08 9.98e-05
NC_000001.10 C1orf115 4.88e-02 4.57e-08 1.02e-04
NC_000008.10 ZNF34 4.82e-02 4.61e-08 1.02e-04
NC_000008.10 GPT 1.47e-01 4.70e-08 1.04e-04
NC_000009.11 WDR85 9.50e-02 4.77e-08 1.05e-04
NC_000015.9 UNC45A 1.22e-01 5.09e-08 1.11e-04
NC_000012.11 ATN1 3.46e-02 5.12e-08 1.11e-04
NC_000002.11 GLB1L 1.24e-01 5.21e-08 1.12e-04
NC_000022.10 C22orf32 6.41e-02 5.26e-08 1.12e-04
NC_000015.9 KIF7 8.71e-02 5.28e-08 1.12e-04
NC_000001.10 CASZ1 6.86e-02 5.39e-08 1.14e-04
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