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Basic Information

The table below details the source and basic information of this item.

Title Content
iBAD ID iBAD_0000287
Karyotype Trisomy 21
Type Methylation profiling by array
Diseases Down syndrome
Organism Homo sapiens
Tissue Brain
Cell Line Cerebellum
Platform GPL13534
Accession GSE74486
GEO Title Trans-effects of chromosome aneuploidies on DNA methylation patterns: DNA methylation analysis of Down syndrome in human brain tissues and cells
PMID 26607552
Article Title Trans effects of chromosome aneuploidies on DNA methylation patterns in human Down syndrome and mouse models
Author Mendioroz M, Do C, Jiang X, Liu C, Darbary HK, Lang CF, Lin J, Thomas A, Abu-Amero S, Stanier P, Temkin A, Yale A, Liu MM, Li Y, Salas M, Kerkel K, Capone G, Silverman W, Yu YE, Moore G, Wegiel J, Tycko B
GEO Link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE74486
Pub Link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26607552
FTP Download ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE74nnn/GSE74486/
SRA Run Selector -
SRP -

Differentially Expressed Genes

The gene expression matrix, up- and down-regulated gene list are provided. Click the three following options to download the corresponding list.

Gene ID Gene Name logFC P-value P-adj
NC_000006.11 TNXB 1.47e-01 1.16e-15 5.12e-10
NC_000012.11 GALNT6 1.54e-01 2.41e-15 5.34e-10
NC_000011.9 TNNT3 1.08e-01 1.43e-14 1.45e-09
NC_000005.9 PDLIM7 1.59e-01 1.49e-14 1.45e-09
NC_000006.11 TNXB 1.80e-01 1.64e-14 1.45e-09
NC_000001.10 EPHA10 2.01e-01 2.06e-14 1.50e-09
NC_000006.11 TNXB 1.68e-01 2.37e-14 1.50e-09
NC_000020.10 HNF4A 1.85e-01 2.99e-14 1.65e-09
NC_000011.9 SIPA1 1.28e-01 4.12e-14 1.83e-09
NC_000020.10 COL20A1 -3.07e-01 4.14e-14 1.83e-09
NC_000006.11 TNXB 1.72e-01 6.22e-14 2.50e-09
NC_000011.9 C11orf21 2.03e-01 7.00e-14 2.58e-09
NC_000019.9 MAG 2.41e-01 1.23e-13 3.76e-09
NC_000019.9 MAG 1.74e-01 1.28e-13 3.76e-09
NC_000001.10 PEAR1 2.34e-01 1.43e-13 3.76e-09
NC_000019.9 APOE 1.28e-01 1.57e-13 3.76e-09
NC_000020.10 SPATA2 -2.46e-01 1.68e-13 3.76e-09
NC_000016.9 CBFA2T3 1.17e-01 2.03e-13 4.08e-09
NC_000016.9 APOB48R 1.74e-01 2.16e-13 4.16e-09
NC_000002.11 INPP5D 1.26e-01 2.30e-13 4.25e-09
NC_000001.10 PRDM16 1.73e-01 2.40e-13 4.25e-09
NC_000020.10 R3HDML 2.07e-01 2.66e-13 4.53e-09
NC_000016.9 TPSG1 2.16e-01 4.14e-13 5.42e-09
NC_000009.11 PRDM12 1.71e-01 4.33e-13 5.42e-09
NC_000001.10 FCAMR 1.43e-01 4.46e-13 5.42e-09
NC_000012.11 P2RX2 1.42e-01 4.52e-13 5.42e-09
NC_000001.10 TTLL10 3.85e-01 4.99e-13 5.42e-09
NC_000020.10 C20orf186 1.78e-01 5.02e-13 5.42e-09
NC_000006.11 TNXB 1.34e-01 5.51e-13 5.81e-09
NC_000022.10 CPT1B 3.78e-01 5.79e-13 5.81e-09
NC_000016.9 MSLNL 1.90e-01 6.29e-13 5.81e-09
NC_000020.10 TGIF2 1.39e-01 6.32e-13 5.81e-09
NC_000001.10 GJB5 1.06e-01 6.44e-13 5.81e-09
NC_000014.8 CDC42BPB -1.38e-01 6.78e-13 5.81e-09
NC_000005.9 LOC728264 1.03e-01 6.81e-13 5.81e-09
NC_000019.9 PSMD8 -1.73e-01 6.94e-13 5.81e-09
NC_000006.11 TNXB 1.37e-01 7.01e-13 5.81e-09
NC_000019.9 ZFR2 2.68e-01 7.23e-13 5.81e-09
NC_000005.9 FLT4 1.05e-01 7.25e-13 5.81e-09
NC_000017.10 CD300A 1.60e-01 7.33e-13 5.81e-09
NC_000022.10 MFNG 2.70e-01 7.33e-13 5.81e-09
NC_000014.8 DLK1 1.64e-01 7.70e-13 5.99e-09
NC_000017.10 CCL1 1.48e-01 7.89e-13 6.02e-09
NC_000011.9 MUC2 9.71e-02 8.04e-13 6.04e-09
NC_000019.9 C19orf12 -2.46e-01 8.58e-13 6.33e-09
NC_000017.10 CARD14 1.90e-01 8.96e-13 6.33e-09
NC_000014.8 SLC39A2 1.52e-01 8.97e-13 6.33e-09
NC_000001.10 FAM167B 2.02e-01 9.32e-13 6.39e-09
NC_000001.10 PRDM16 1.41e-01 9.38e-13 6.39e-09
NC_000012.11 PTPN6 1.12e-01 1.01e-12 6.51e-09
NC_000017.10 DNAH2 8.08e-02 1.02e-12 6.51e-09
NC_000017.10 TEX14 9.65e-02 1.02e-12 6.51e-09
NC_000020.10 BPIL3 1.17e-01 1.03e-12 6.51e-09
NC_000016.9 TCF25 -2.17e-01 1.08e-12 6.52e-09
NC_000009.11 ENTPD8 1.53e-01 1.08e-12 6.52e-09
NC_000006.11 TNXB 1.27e-01 1.08e-12 6.52e-09
NC_000005.9 FLT4 2.29e-01 1.11e-12 6.54e-09
NC_000001.10 ARHGEF16 1.70e-01 1.16e-12 6.68e-09
NC_000011.9 ALDH3B1 1.16e-01 1.22e-12 6.92e-09
NC_000011.9 CALCB 6.77e-02 1.27e-12 7.05e-09
NC_000004.11 PDE6B 2.18e-01 1.27e-12 7.05e-09
NC_000003.11 ITIH3 1.49e-01 1.29e-12 7.05e-09
NC_000001.10 MIR429 9.29e-02 1.33e-12 7.16e-09
NC_000002.11 LOC151300 1.64e-01 1.35e-12 7.16e-09
NC_000020.10 SPATA2 -3.16e-01 1.36e-12 7.16e-09
NC_000017.10 NXN 1.58e-01 1.47e-12 7.45e-09
NC_000022.10 CARD10 2.23e-01 1.49e-12 7.45e-09
NC_000001.10 ATAD3C 1.42e-01 1.50e-12 7.45e-09
NC_000020.10 C20orf186 1.77e-01 1.51e-12 7.45e-09
NC_000001.10 MYOM3 1.21e-01 1.58e-12 7.52e-09
NC_000011.9 RAPSN 1.35e-01 1.60e-12 7.52e-09
NC_000001.10 SAMD11 1.58e-01 1.61e-12 7.52e-09
NC_000014.8 DIO3OS 1.25e-01 1.65e-12 7.61e-09
NC_000005.9 FGFR4 1.31e-01 1.67e-12 7.61e-09
NC_000008.10 RHPN1 1.78e-01 1.76e-12 7.88e-09
NC_000001.10 CSF3R 1.72e-01 1.80e-12 7.88e-09
NC_000020.10 GFRA4 9.05e-02 1.80e-12 7.88e-09
NC_000016.9 C1QTNF8 2.39e-01 1.82e-12 7.88e-09
NC_000005.9 LOC728264 1.50e-01 1.83e-12 7.88e-09
NC_000005.9 SLC12A7 1.47e-01 1.91e-12 8.08e-09
NC_000015.9 KIF7 1.09e-01 1.95e-12 8.08e-09
NC_000017.10 GGT6 1.03e-01 2.08e-12 8.50e-09
NC_000001.10 C1orf200 1.36e-01 2.09e-12 8.50e-09
NC_000006.11 TNXB 1.01e-01 2.15e-12 8.58e-09
NC_000006.11 ETV7 1.18e-01 2.15e-12 8.58e-09
NC_000001.10 ETNK2 1.28e-01 2.23e-12 8.82e-09
NC_000011.9 TRPM5 1.69e-01 2.29e-12 8.96e-09
NC_000019.9 DMKN 1.28e-01 2.33e-12 9.04e-09
NC_000019.9 AZU1 7.58e-02 2.35e-12 9.07e-09
NC_000011.9 IFITM1 1.36e-01 2.39e-12 9.12e-09
NC_000011.9 IFITM1 2.35e-01 2.56e-12 9.51e-09
NC_000001.10 ARHGEF16 1.07e-01 2.59e-12 9.56e-09
NC_000020.10 C20orf186 1.93e-01 2.64e-12 9.58e-09
NC_000011.9 PANX3 1.03e-01 2.74e-12 9.76e-09
NC_000020.10 SLC4A11 1.23e-01 2.76e-12 9.76e-09
NC_000001.10 PIK3CD 1.64e-01 2.78e-12 9.76e-09
NC_000020.10 C20orf185 1.24e-01 2.87e-12 9.86e-09
NC_000001.10 AGRN 1.81e-01 3.00e-12 1.02e-08
NC_000011.9 C11orf21 1.43e-01 3.03e-12 1.02e-08
NC_000011.9 TRPM5 2.27e-01 3.06e-12 1.02e-08
NC_000007.13 SSPO 1.61e-01 3.11e-12 1.02e-08
NC_000006.11 TNXB 1.59e-01 3.11e-12 1.02e-08
NC_000020.10 COL20A1 -1.87e-01 3.13e-12 1.02e-08
NC_000016.9 CES8 1.79e-01 3.20e-12 1.03e-08
NC_000008.10 PEBP4 9.91e-02 3.21e-12 1.03e-08
NC_000020.10 HNF4A 1.28e-01 3.64e-12 1.15e-08
NC_000022.10 IL2RB 1.44e-01 3.72e-12 1.16e-08
NC_000002.11 TFCP2L1 2.25e-01 4.00e-12 1.24e-08
NC_000016.9 CACNA1H 1.49e-01 4.02e-12 1.24e-08
NC_000001.10 ATAD3A 7.53e-02 4.09e-12 1.24e-08
NC_000005.9 FGFR4 1.71e-01 4.11e-12 1.24e-08
NC_000019.9 IRGC 9.32e-02 4.11e-12 1.24e-08
NC_000019.9 C19orf21 9.76e-02 4.14e-12 1.24e-08
NC_000006.11 TNXB 1.24e-01 4.21e-12 1.25e-08
NC_000007.13 PTPRN2 1.73e-01 4.26e-12 1.26e-08
NC_000008.10 SGK196 -2.25e-01 4.49e-12 1.31e-08
NC_000001.10 TDRD10 1.30e-01 4.57e-12 1.32e-08
NC_000014.8 TDRD9 1.08e-01 4.58e-12 1.32e-08
NC_000020.10 SPATA2 -9.85e-02 4.86e-12 1.37e-08
NC_000012.11 EP400 7.26e-02 4.99e-12 1.38e-08
NC_000012.11 P2RX2 1.45e-01 5.13e-12 1.39e-08
NC_000001.10 FAM167B 1.92e-01 5.24e-12 1.41e-08
NC_000019.9 SIX5 1.54e-01 5.29e-12 1.41e-08
NC_000012.11 HNF1A 1.41e-01 5.31e-12 1.41e-08
NC_000001.10 MIR200B 2.09e-01 5.37e-12 1.42e-08
NC_000019.9 PRX 1.98e-01 5.53e-12 1.45e-08
NC_000022.10 PNPLA5 1.04e-01 5.69e-12 1.47e-08
NC_000001.10 PRDM16 7.93e-02 5.71e-12 1.47e-08
NC_000017.10 GH1 1.14e-01 5.74e-12 1.47e-08
NC_000001.10 MXRA8 1.30e-01 5.80e-12 1.47e-08
NC_000014.8 RIPK3 1.83e-01 5.99e-12 1.51e-08
NC_000011.9 HCCA2 1.77e-01 6.08e-12 1.51e-08
NC_000020.10 SPATA2 -1.51e-01 6.10e-12 1.51e-08
NC_000020.10 BASE 4.86e-02 6.10e-12 1.51e-08
NC_000006.11 TNXB 1.31e-01 6.19e-12 1.51e-08
NC_000017.10 CYTSB 1.22e-01 6.20e-12 1.51e-08
NC_000006.11 TNXB 1.47e-01 6.28e-12 1.51e-08
NC_000020.10 ADAM33 1.19e-01 6.28e-12 1.51e-08
NC_000003.11 CD80 7.79e-02 6.42e-12 1.52e-08
NC_000012.11 GALNT9 1.99e-01 6.43e-12 1.52e-08
NC_000019.9 SYT5 1.30e-01 6.55e-12 1.54e-08
NC_000011.9 P2RX3 1.08e-01 6.75e-12 1.57e-08
NC_000002.11 VAMP8 1.28e-01 7.00e-12 1.61e-08
NC_000006.11 PSMB8 9.51e-02 7.00e-12 1.61e-08
NC_000017.10 PPY2 1.48e-01 7.04e-12 1.62e-08
NC_000017.10 ALOX15 1.68e-01 7.12e-12 1.62e-08
NC_000019.9 NPHS1 2.39e-01 7.36e-12 1.65e-08
NC_000007.13 VIPR2 1.39e-01 7.40e-12 1.65e-08
NC_000022.10 TSSK2 6.58e-02 7.52e-12 1.66e-08
NC_000019.9 RGL3 1.95e-01 7.58e-12 1.66e-08
NC_000002.11 MAP1D -1.45e-01 7.86e-12 1.71e-08
NC_000002.11 WNT10A 1.51e-01 8.00e-12 1.72e-08
NC_000017.10 NXN 1.34e-01 8.22e-12 1.76e-08
NC_000015.9 ACSBG1 1.54e-01 8.29e-12 1.76e-08
NC_000001.10 KNCN 1.49e-01 8.46e-12 1.78e-08
NC_000002.11 WIPF1 1.14e-01 8.51e-12 1.79e-08
NC_000011.9 MUC2 1.14e-01 8.71e-12 1.81e-08
NC_000002.11 GAL3ST2 2.01e-01 8.78e-12 1.82e-08
NC_000009.11 LCN9 2.07e-01 8.83e-12 1.82e-08
NC_000004.11 PDE6B 1.26e-01 9.04e-12 1.83e-08
NC_000014.8 SLC39A2 2.01e-01 9.08e-12 1.83e-08
NC_000011.9 CDKN1C 1.01e-01 9.09e-12 1.83e-08
NC_000007.13 TRIM56 1.21e-01 9.10e-12 1.83e-08
NC_000019.9 FCGBP 6.20e-02 9.17e-12 1.84e-08
NC_000006.11 MOG 1.93e-01 9.31e-12 1.85e-08
NC_000022.10 LIF 8.41e-02 9.50e-12 1.88e-08
NC_000001.10 TRIM63 1.20e-01 9.73e-12 1.89e-08
NC_000017.10 PIK3R5 2.24e-01 9.75e-12 1.89e-08
NC_000016.9 CLDN6 1.65e-01 9.93e-12 1.90e-08
NC_000007.13 PTPRN2 2.32e-01 9.94e-12 1.90e-08
NC_000015.9 BNC1 1.03e-01 9.99e-12 1.90e-08
NC_000022.10 RPL3 -1.82e-01 1.00e-11 1.90e-08
NC_000012.11 CDK2 -2.84e-01 1.06e-11 2.01e-08
NC_000003.11 ITIH1 1.00e-01 1.07e-11 2.01e-08
NC_000019.9 RTN2 -2.36e-01 1.07e-11 2.01e-08
NC_000001.10 CSF3R 1.30e-01 1.07e-11 2.01e-08
NC_000001.10 PRDM16 1.18e-01 1.08e-11 2.01e-08
NC_000001.10 BMP8A 1.23e-01 1.09e-11 2.01e-08
NC_000016.9 CACNA1H 1.36e-01 1.09e-11 2.01e-08
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