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Basic Information

The table below details the source and basic information of this item.

Title	Content
iBAD ID	iBAD_0000286
Karyotype	Trisomy 21
Type	Methylation profiling by genome tiling array
Diseases	Down syndrome
Organism	Homo sapiens
Tissue	Lymphoid
Cell Line	T cell
Platform	GPL13534
Accession	GSE74486
GEO Title	Trans-effects of chromosome aneuploidies on DNA methylation patterns: DNA methylation analysis of Down syndrome in human brain tissues and cells
PMID	26607552
Article Title	Trans effects of chromosome aneuploidies on DNA methylation patterns in human Down syndrome and mouse models
Author	Mendioroz M, Do C, Jiang X, Liu C, Darbary HK, Lang CF, Lin J, Thomas A, Abu-Amero S, Stanier P, Temkin A, Yale A, Liu MM, Li Y, Salas M, Kerkel K, Capone G, Silverman W, Yu YE, Moore G, Wegiel J, Tycko B
GEO Link	https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE74486
Pub Link	https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26607552
FTP Download	ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE74nnn/GSE74486/
SRA Run Selector	-
SRP	-

Differentially Expressed Genes

The gene expression matrix, up- and down-regulated gene list are provided. Click the three following options to download the corresponding list.

Gene ID	Gene Name	logFC	P-value	P-adj
NC_000006.11	ZDHHC14	-3.71e-01	3.67e-18	1.61e-12
NC_000006.11	ZDHHC14	-3.15e-01	1.42e-17	3.10e-12
NC_000003.11	PRRT3	4.52e-01	5.41e-16	5.92e-11
NC_000006.11	ZDHHC14	-4.21e-01	7.83e-16	6.85e-11
NC_000021.8	RUNX1	4.08e-01	1.11e-15	6.94e-11
NC_000016.9	NDE1	-1.83e-01	1.11e-15	6.94e-11
NC_000006.11	ZDHHC14	-3.37e-01	2.88e-15	1.57e-10
NC_000005.9	F12	1.60e-01	3.64e-15	1.77e-10
NC_000004.11	SORBS2	-2.98e-01	5.20e-15	2.07e-10
NC_000006.11	ZDHHC14	-3.85e-01	5.67e-15	2.07e-10
NC_000009.11	CLIC3	1.75e-01	1.46e-14	4.88e-10
NC_000001.10	CTRC	-1.77e-01	1.76e-14	4.88e-10
NC_000021.8	RUNX1	3.89e-01	1.77e-14	4.88e-10
NC_000016.9	NOXO1	2.84e-01	2.35e-14	5.76e-10
NC_000002.11	TMEM131	-2.68e-01	2.89e-14	6.37e-10
NC_000011.9	NCAM1	2.74e-01	4.23e-14	8.49e-10
NC_000002.11	TMEM131	-3.61e-01	4.43e-14	8.49e-10
NC_000016.9	SLC5A2	2.86e-01	4.46e-14	8.49e-10
NC_000020.10	TAF4	1.08e-01	5.69e-14	9.97e-10
NC_000013.10	ATP11A	2.50e-01	1.06e-13	1.78e-09
NC_000003.11	KCNH8	2.32e-01	1.22e-13	1.98e-09
NC_000001.10	FNBP1L	2.46e-01	1.33e-13	2.01e-09
NC_000005.9	F12	2.14e-01	1.33e-13	2.01e-09
NC_000016.9	NOXO1	1.59e-01	1.46e-13	2.13e-09
NC_000012.11	CCDC60	2.61e-01	1.58e-13	2.17e-09
NC_000004.11	SORBS2	-2.16e-01	1.71e-13	2.27e-09
NC_000006.11	DST	1.51e-01	2.02e-13	2.60e-09
NC_000010.10	HPSE2	2.30e-01	2.32e-13	2.90e-09
NC_000004.11	SORBS2	-2.19e-01	2.40e-13	2.92e-09
NC_000007.13	HOXA2	-2.32e-01	3.05e-13	3.51e-09
NC_000009.11	WNK2	-1.32e-01	3.12e-13	3.51e-09
NC_000012.11	RNFT2	1.47e-01	3.47e-13	3.79e-09
NC_000002.11	TMEM131	-2.58e-01	3.69e-13	3.94e-09
NC_000010.10	PARD3	-1.25e-01	3.93e-13	4.09e-09
NC_000022.10	MEI1	1.51e-01	4.13e-13	4.20e-09
NC_000006.11	ZDHHC14	-2.97e-01	4.54e-13	4.52e-09
NC_000001.10	METTL11B	1.86e-01	5.07e-13	4.93e-09
NC_000011.9	NNMT	1.33e-01	5.94e-13	5.54e-09
NC_000004.11	ARSJ	2.53e-01	7.41e-13	6.62e-09
NC_000007.13	SDK1	9.93e-02	7.92e-13	6.80e-09
NC_000004.11	SORBS2	-2.70e-01	9.44e-13	7.81e-09
NC_000013.10	GJB2	2.19e-01	1.13e-12	9.01e-09
NC_000016.9	DPEP1	2.67e-01	1.27e-12	9.94e-09
NC_000013.10	IL17D	9.40e-02	1.38e-12	1.04e-08
NC_000019.9	MZF1	1.36e-01	1.49e-12	1.09e-08
NC_000022.10	MN1	1.93e-01	1.60e-12	1.14e-08
NC_000014.8	CCDC88C	-7.86e-02	1.78e-12	1.26e-08
NC_000014.8	AKAP6	-2.06e-01	2.34e-12	1.60e-08
NC_000022.10	MAPK11	1.04e-01	3.01e-12	1.94e-08
NC_000016.9	DPEP1	2.51e-01	3.02e-12	1.94e-08
NC_000022.10	MEI1	7.53e-02	3.07e-12	1.95e-08
NC_000002.11	SFXN5	9.48e-02	4.38e-12	2.70e-08
NC_000011.9	NPAS4	1.44e-01	5.16e-12	2.97e-08
NC_000019.9	RASIP1	1.16e-01	5.16e-12	2.97e-08
NC_000004.11	SORBS2	-2.70e-01	5.29e-12	3.00e-08
NC_000012.11	CCDC60	1.95e-01	6.46e-12	3.49e-08
NC_000001.10	C1orf113	2.25e-01	6.56e-12	3.50e-08
NC_000005.9	RAB3C	1.87e-01	7.49e-12	3.95e-08
NC_000019.9	FBXO17	8.42e-02	7.79e-12	4.06e-08
NC_000016.9	NOXO1	1.66e-01	8.19e-12	4.21e-08
NC_000012.11	CCDC60	2.40e-01	8.58e-12	4.31e-08
NC_000017.10	SOX15	1.11e-01	8.84e-12	4.40e-08
NC_000016.9	CASKIN1	1.95e-01	1.17e-11	5.74e-08
NC_000009.11	WDR85	1.98e-01	1.19e-11	5.76e-08
NC_000008.10	LOC100130274	1.32e-01	1.20e-11	5.76e-08
NC_000010.10	C10orf11	2.03e-01	1.22e-11	5.76e-08
NC_000013.10	ATP11A	3.25e-01	1.25e-11	5.83e-08
NC_000018.9	DTNA	1.35e-01	1.39e-11	6.38e-08
NC_000016.9	IFT140	-2.05e-01	1.41e-11	6.41e-08
NC_000008.10	RBPMS	1.26e-01	1.57e-11	6.90e-08
NC_000001.10	MRPL55	1.89e-01	1.58e-11	6.90e-08
NC_000013.10	ATP11A	2.56e-01	1.90e-11	7.92e-08
NC_000007.13	HOXA2	-1.70e-01	1.90e-11	7.92e-08
NC_000003.11	GATA2	1.32e-01	1.91e-11	7.92e-08
NC_000006.11	STK19	2.16e-01	1.92e-11	7.92e-08
NC_000015.9	MIR548H4	1.18e-01	2.12e-11	8.35e-08
NC_000006.11	FAM46A	2.60e-01	2.14e-11	8.35e-08
NC_000006.11	MDFI	5.57e-02	2.15e-11	8.35e-08
NC_000002.11	PLB1	-1.93e-01	2.16e-11	8.35e-08
NC_000016.9	NOXO1	2.34e-01	2.29e-11	8.81e-08
NC_000011.9	VSIG2	-2.22e-01	2.32e-11	8.81e-08
NC_000010.10	CDH23	1.09e-01	2.51e-11	9.31e-08
NC_000009.11	WNK2	-2.10e-01	2.65e-11	9.70e-08
NC_000010.10	DIP2C	-4.71e-02	2.73e-11	9.70e-08
NC_000012.11	CCDC60	2.52e-01	2.75e-11	9.70e-08
NC_000016.9	CCDC78	1.41e-01	2.80e-11	9.81e-08
NC_000019.9	FUT6	-1.11e-01	2.85e-11	9.89e-08
NC_000016.9	IFT140	-1.61e-01	2.91e-11	1.00e-07
NC_000011.9	BCL9L	2.22e-01	3.00e-11	1.03e-07
NC_000007.13	TRIP6	9.21e-02	3.32e-11	1.13e-07
NC_000002.11	IGFBP2	1.66e-01	3.39e-11	1.14e-07
NC_000001.10	ACTN2	1.15e-01	3.43e-11	1.15e-07
NC_000006.11	STK19	2.08e-01	3.51e-11	1.16e-07
NC_000011.9	MTL5	2.07e-01	3.63e-11	1.18e-07
NC_000016.9	LOC283867	1.63e-01	3.63e-11	1.18e-07
NC_000014.8	SPTB	-9.80e-02	3.80e-11	1.22e-07
NC_000012.11	NUAK1	1.53e-01	3.82e-11	1.22e-07
NC_000009.11	KIAA1161	2.57e-01	3.93e-11	1.25e-07
NC_000011.9	VSIG2	-2.18e-01	3.97e-11	1.25e-07
NC_000004.11	CRMP1	1.89e-01	4.25e-11	1.32e-07
NC_000011.9	VSIG2	-2.28e-01	4.30e-11	1.32e-07
NC_000017.10	CCDC144A	3.77e-01	4.36e-11	1.33e-07
NC_000002.11	KIF5C	-1.59e-01	4.47e-11	1.35e-07
NC_000012.11	HSPB8	1.08e-01	5.29e-11	1.57e-07
NC_000015.9	THSD4	1.58e-01	5.63e-11	1.65e-07
NC_000022.10	MEI1	1.87e-01	7.14e-11	2.06e-07
NC_000019.9	PRX	2.98e-01	7.19e-11	2.06e-07
NC_000006.11	STK19	1.92e-01	8.91e-11	2.44e-07
NC_000016.9	ZNF668	-1.85e-01	8.94e-11	2.44e-07
NC_000001.10	TFAP2E	2.31e-01	9.04e-11	2.46e-07
NC_000021.8	C21orf84	-1.27e-01	9.19e-11	2.46e-07
NC_000011.9	MTL5	2.19e-01	9.20e-11	2.46e-07
NC_000005.9	SHROOM1	1.67e-01	9.39e-11	2.46e-07
NC_000007.13	HOXA2	-1.77e-01	9.40e-11	2.46e-07
NC_000020.10	SLC4A11	1.37e-01	9.45e-11	2.46e-07
NC_000021.8	ABCG1	1.36e-01	9.51e-11	2.46e-07
NC_000003.11	GHRL	-1.59e-01	9.53e-11	2.46e-07
NC_000007.13	KIAA0087	-9.60e-02	9.57e-11	2.46e-07
NC_000019.9	SEMA6B	1.59e-01	9.79e-11	2.50e-07
NC_000007.13	HOXA2	-2.32e-01	9.86e-11	2.50e-07
NC_000018.9	KATNAL2	-1.43e-01	9.87e-11	2.50e-07
NC_000001.10	METTL11B	1.34e-01	9.99e-11	2.51e-07
NC_000001.10	ACOT7	-1.09e-01	1.02e-10	2.55e-07
NC_000002.11	HDAC4	-1.90e-01	1.04e-10	2.58e-07
NC_000015.9	CYP19A1	-1.69e-01	1.04e-10	2.58e-07
NC_000003.11	AMIGO3	2.30e-01	1.10e-10	2.70e-07
NC_000011.9	NPAS4	1.61e-01	1.17e-10	2.84e-07
NC_000019.9	CPT1C	1.81e-01	1.19e-10	2.85e-07
NC_000006.11	DOM3Z	9.34e-02	1.19e-10	2.85e-07
NC_000007.13	HOXA2	-1.07e-01	1.21e-10	2.88e-07
NC_000008.10	C8ORFK29	1.90e-01	1.24e-10	2.94e-07
NC_000017.10	CD300LB	1.48e-01	1.30e-10	3.05e-07
NC_000016.9	IFT140	-1.87e-01	1.35e-10	3.15e-07
NC_000016.9	CSDAP1	1.59e-01	1.36e-10	3.15e-07
NC_000002.11	EMILIN1	1.10e-01	1.36e-10	3.15e-07
NC_000004.11	HHIP	1.82e-01	1.37e-10	3.16e-07
NC_000009.11	KIAA1161	2.08e-01	1.43e-10	3.23e-07
NC_000017.10	LOC404266	1.83e-01	1.44e-10	3.23e-07
NC_000005.9	PFN3	3.70e-01	1.45e-10	3.24e-07
NC_000011.9	CUGBP1	1.06e-01	1.48e-10	3.30e-07
NC_000001.10	MAP3K6	3.05e-01	1.52e-10	3.36e-07
NC_000019.9	KPTN	1.23e-01	1.53e-10	3.37e-07
NC_000008.10	GLI4	2.14e-01	1.57e-10	3.44e-07
NC_000006.11	SLC44A4	1.11e-01	1.61e-10	3.49e-07
NC_000006.11	NKAPL	1.75e-01	1.64e-10	3.53e-07
NC_000017.10	CCDC144A	1.84e-01	1.64e-10	3.53e-07
NC_000010.10	GJD4	1.44e-01	1.65e-10	3.53e-07
NC_000002.11	TMEM37	-1.43e-01	1.67e-10	3.54e-07
NC_000015.9	GABRA5	-1.20e-01	1.73e-10	3.65e-07
NC_000001.10	MAP3K6	1.75e-01	1.74e-10	3.65e-07
NC_000020.10	SLC4A11	1.65e-01	1.84e-10	3.84e-07
NC_000018.9	C18orf26	-1.89e-01	1.88e-10	3.89e-07
NC_000009.11	CLIC3	1.43e-01	1.90e-10	3.90e-07
NC_000010.10	FBXL15	1.81e-01	1.92e-10	3.93e-07
NC_000002.11	SPEG	9.20e-02	1.94e-10	3.95e-07
NC_000017.10	MIR497	-1.36e-01	1.97e-10	3.98e-07
NC_000005.9	CPLX2	9.70e-02	2.02e-10	4.06e-07
NC_000005.9	PFN3	3.74e-01	2.05e-10	4.09e-07
NC_000008.10	LRRC14	2.21e-01	2.07e-10	4.10e-07
NC_000009.11	WNK2	1.27e-01	2.08e-10	4.10e-07
NC_000011.9	PDHX	1.76e-01	2.13e-10	4.19e-07
NC_000001.10	MIB2	1.80e-01	2.15e-10	4.21e-07
NC_000005.9	BHMT2	-1.09e-01	2.17e-10	4.22e-07
NC_000001.10	MIB2	2.27e-01	2.18e-10	4.22e-07
NC_000019.9	MZF1	1.32e-01	2.25e-10	4.33e-07
NC_000019.9	PRX	2.64e-01	2.26e-10	4.33e-07
NC_000001.10	TFAP2E	1.74e-01	2.31e-10	4.38e-07
NC_000014.8	SLC7A8	-7.68e-02	2.35e-10	4.41e-07
NC_000002.11	ACMSD	-1.59e-01	2.41e-10	4.50e-07
NC_000011.9	VSIG2	-2.05e-01	2.47e-10	4.57e-07
NC_000001.10	C1orf113	2.21e-01	2.47e-10	4.57e-07
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