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The table below details the source and basic information of this item.

Title Content
iBAD ID iBAD_0000286
Karyotype Trisomy 21
Type Methylation profiling by genome tiling array
Diseases Down syndrome
Organism Homo sapiens
Tissue Lymphoid
Cell Line T cell
Platform GPL13534
Accession GSE74486
GEO Title Trans-effects of chromosome aneuploidies on DNA methylation patterns: DNA methylation analysis of Down syndrome in human brain tissues and cells
PMID 26607552
Article Title Trans effects of chromosome aneuploidies on DNA methylation patterns in human Down syndrome and mouse models
Author Mendioroz M, Do C, Jiang X, Liu C, Darbary HK, Lang CF, Lin J, Thomas A, Abu-Amero S, Stanier P, Temkin A, Yale A, Liu MM, Li Y, Salas M, Kerkel K, Capone G, Silverman W, Yu YE, Moore G, Wegiel J, Tycko B
GEO Link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE74486
Pub Link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26607552
FTP Download ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE74nnn/GSE74486/
SRA Run Selector -
SRP -

Differentially Expressed Genes

The gene expression matrix, up- and down-regulated gene list are provided. Click the three following options to download the corresponding list.

<
Gene ID Gene Name logFC P-value P-adj
NC_000006.11 ZDHHC14 -3.71e-01 3.67e-18 1.61e-12
NC_000006.11 ZDHHC14 -3.15e-01 1.42e-17 3.10e-12
NC_000003.11 PRRT3 4.52e-01 5.41e-16 5.92e-11
NC_000006.11 ZDHHC14 -4.21e-01 7.83e-16 6.85e-11
NC_000021.8 RUNX1 4.08e-01 1.11e-15 6.94e-11
NC_000016.9 NDE1 -1.83e-01 1.11e-15 6.94e-11
NC_000006.11 ZDHHC14 -3.37e-01 2.88e-15 1.57e-10
NC_000005.9 F12 1.60e-01 3.64e-15 1.77e-10
NC_000004.11 SORBS2 -2.98e-01 5.20e-15 2.07e-10
NC_000006.11 ZDHHC14 -3.85e-01 5.67e-15 2.07e-10
NC_000009.11 CLIC3 1.75e-01 1.46e-14 4.88e-10
NC_000001.10 CTRC -1.77e-01 1.76e-14 4.88e-10
NC_000021.8 RUNX1 3.89e-01 1.77e-14 4.88e-10
NC_000016.9 NOXO1 2.84e-01 2.35e-14 5.76e-10
NC_000002.11 TMEM131 -2.68e-01 2.89e-14 6.37e-10
NC_000011.9 NCAM1 2.74e-01 4.23e-14 8.49e-10
NC_000002.11 TMEM131 -3.61e-01 4.43e-14 8.49e-10
NC_000016.9 SLC5A2 2.86e-01 4.46e-14 8.49e-10
NC_000020.10 TAF4 1.08e-01 5.69e-14 9.97e-10
NC_000013.10 ATP11A 2.50e-01 1.06e-13 1.78e-09
NC_000003.11 KCNH8 2.32e-01 1.22e-13 1.98e-09
NC_000001.10 FNBP1L 2.46e-01 1.33e-13 2.01e-09
NC_000005.9 F12 2.14e-01 1.33e-13 2.01e-09
NC_000016.9 NOXO1 1.59e-01 1.46e-13 2.13e-09
NC_000012.11 CCDC60 2.61e-01 1.58e-13 2.17e-09
NC_000004.11 SORBS2 -2.16e-01 1.71e-13 2.27e-09
NC_000006.11 DST 1.51e-01 2.02e-13 2.60e-09
NC_000010.10 HPSE2 2.30e-01 2.32e-13 2.90e-09
NC_000004.11 SORBS2 -2.19e-01 2.40e-13 2.92e-09
NC_000007.13 HOXA2 -2.32e-01 3.05e-13 3.51e-09
NC_000009.11 WNK2 -1.32e-01 3.12e-13 3.51e-09
NC_000012.11 RNFT2 1.47e-01 3.47e-13 3.79e-09
NC_000002.11 TMEM131 -2.58e-01 3.69e-13 3.94e-09
NC_000010.10 PARD3 -1.25e-01 3.93e-13 4.09e-09
NC_000022.10 MEI1 1.51e-01 4.13e-13 4.20e-09
NC_000006.11 ZDHHC14 -2.97e-01 4.54e-13 4.52e-09
NC_000001.10 METTL11B 1.86e-01 5.07e-13 4.93e-09
NC_000011.9 NNMT 1.33e-01 5.94e-13 5.54e-09
NC_000004.11 ARSJ 2.53e-01 7.41e-13 6.62e-09
NC_000007.13 SDK1 9.93e-02 7.92e-13 6.80e-09
NC_000004.11 SORBS2 -2.70e-01 9.44e-13 7.81e-09
NC_000013.10 GJB2 2.19e-01 1.13e-12 9.01e-09
NC_000016.9 DPEP1 2.67e-01 1.27e-12 9.94e-09
NC_000013.10 IL17D 9.40e-02 1.38e-12 1.04e-08
NC_000019.9 MZF1 1.36e-01 1.49e-12 1.09e-08
NC_000022.10 MN1 1.93e-01 1.60e-12 1.14e-08
NC_000014.8 CCDC88C -7.86e-02 1.78e-12 1.26e-08
NC_000014.8 AKAP6 -2.06e-01 2.34e-12 1.60e-08
NC_000022.10 MAPK11 1.04e-01 3.01e-12 1.94e-08
NC_000016.9 DPEP1 2.51e-01 3.02e-12 1.94e-08
NC_000022.10 MEI1 7.53e-02 3.07e-12 1.95e-08
NC_000002.11 SFXN5 9.48e-02 4.38e-12 2.70e-08
NC_000011.9 NPAS4 1.44e-01 5.16e-12 2.97e-08
NC_000019.9 RASIP1 1.16e-01 5.16e-12 2.97e-08
NC_000004.11 SORBS2 -2.70e-01 5.29e-12 3.00e-08
NC_000012.11 CCDC60 1.95e-01 6.46e-12 3.49e-08
NC_000001.10 C1orf113 2.25e-01 6.56e-12 3.50e-08
NC_000005.9 RAB3C 1.87e-01 7.49e-12 3.95e-08
NC_000019.9 FBXO17 8.42e-02 7.79e-12 4.06e-08
NC_000016.9 NOXO1 1.66e-01 8.19e-12 4.21e-08
NC_000012.11 CCDC60 2.40e-01 8.58e-12 4.31e-08
NC_000017.10 SOX15 1.11e-01 8.84e-12 4.40e-08
NC_000016.9 CASKIN1 1.95e-01 1.17e-11 5.74e-08
NC_000009.11 WDR85 1.98e-01 1.19e-11 5.76e-08
NC_000008.10 LOC100130274 1.32e-01 1.20e-11 5.76e-08
NC_000010.10 C10orf11 2.03e-01 1.22e-11 5.76e-08
NC_000013.10 ATP11A 3.25e-01 1.25e-11 5.83e-08
NC_000018.9 DTNA 1.35e-01 1.39e-11 6.38e-08
NC_000016.9 IFT140 -2.05e-01 1.41e-11 6.41e-08
NC_000008.10 RBPMS 1.26e-01 1.57e-11 6.90e-08
NC_000001.10 MRPL55 1.89e-01 1.58e-11 6.90e-08
NC_000013.10 ATP11A 2.56e-01 1.90e-11 7.92e-08
NC_000007.13 HOXA2 -1.70e-01 1.90e-11 7.92e-08
NC_000003.11 GATA2 1.32e-01 1.91e-11 7.92e-08
NC_000006.11 STK19 2.16e-01 1.92e-11 7.92e-08
NC_000015.9 MIR548H4 1.18e-01 2.12e-11 8.35e-08
NC_000006.11 FAM46A 2.60e-01 2.14e-11 8.35e-08
NC_000006.11 MDFI 5.57e-02 2.15e-11 8.35e-08
NC_000002.11 PLB1 -1.93e-01 2.16e-11 8.35e-08
NC_000016.9 NOXO1 2.34e-01 2.29e-11 8.81e-08
NC_000011.9 VSIG2 -2.22e-01 2.32e-11 8.81e-08
NC_000010.10 CDH23 1.09e-01 2.51e-11 9.31e-08
NC_000009.11 WNK2 -2.10e-01 2.65e-11 9.70e-08
NC_000010.10 DIP2C -4.71e-02 2.73e-11 9.70e-08
NC_000012.11 CCDC60 2.52e-01 2.75e-11 9.70e-08
NC_000016.9 CCDC78 1.41e-01 2.80e-11 9.81e-08
NC_000019.9 FUT6 -1.11e-01 2.85e-11 9.89e-08
NC_000016.9 IFT140 -1.61e-01 2.91e-11 1.00e-07
NC_000011.9 BCL9L 2.22e-01 3.00e-11 1.03e-07
NC_000007.13 TRIP6 9.21e-02 3.32e-11 1.13e-07
NC_000002.11 IGFBP2 1.66e-01 3.39e-11 1.14e-07
NC_000001.10 ACTN2 1.15e-01 3.43e-11 1.15e-07
NC_000006.11 STK19 2.08e-01 3.51e-11 1.16e-07
NC_000011.9 MTL5 2.07e-01 3.63e-11 1.18e-07
NC_000016.9 LOC283867 1.63e-01 3.63e-11 1.18e-07
NC_000014.8 SPTB -9.80e-02 3.80e-11 1.22e-07
NC_000012.11 NUAK1 1.53e-01 3.82e-11 1.22e-07
NC_000009.11 KIAA1161 2.57e-01 3.93e-11 1.25e-07
NC_000011.9 VSIG2 -2.18e-01 3.97e-11 1.25e-07
NC_000004.11 CRMP1 1.89e-01 4.25e-11 1.32e-07
NC_000011.9 VSIG2 -2.28e-01 4.30e-11 1.32e-07
NC_000017.10 CCDC144A 3.77e-01 4.36e-11 1.33e-07
NC_000002.11 KIF5C -1.59e-01 4.47e-11 1.35e-07
NC_000012.11 HSPB8 1.08e-01 5.29e-11 1.57e-07
NC_000015.9 THSD4 1.58e-01 5.63e-11 1.65e-07
NC_000022.10 MEI1 1.87e-01 7.14e-11 2.06e-07
NC_000019.9 PRX 2.98e-01 7.19e-11 2.06e-07
NC_000006.11 STK19 1.92e-01 8.91e-11 2.44e-07
NC_000016.9 ZNF668 -1.85e-01 8.94e-11 2.44e-07
NC_000001.10 TFAP2E 2.31e-01 9.04e-11 2.46e-07
NC_000021.8 C21orf84 -1.27e-01 9.19e-11 2.46e-07
NC_000011.9 MTL5 2.19e-01 9.20e-11 2.46e-07
NC_000005.9 SHROOM1 1.67e-01 9.39e-11 2.46e-07
NC_000007.13 HOXA2 -1.77e-01 9.40e-11 2.46e-07
NC_000020.10 SLC4A11 1.37e-01 9.45e-11 2.46e-07
NC_000021.8 ABCG1 1.36e-01 9.51e-11 2.46e-07
NC_000003.11 GHRL -1.59e-01 9.53e-11 2.46e-07
NC_000007.13 KIAA0087 -9.60e-02 9.57e-11 2.46e-07
NC_000019.9 SEMA6B 1.59e-01 9.79e-11 2.50e-07
NC_000007.13 HOXA2 -2.32e-01 9.86e-11 2.50e-07
NC_000018.9 KATNAL2 -1.43e-01 9.87e-11 2.50e-07
NC_000001.10 METTL11B 1.34e-01 9.99e-11 2.51e-07
NC_000001.10 ACOT7 -1.09e-01 1.02e-10 2.55e-07
NC_000002.11 HDAC4 -1.90e-01 1.04e-10 2.58e-07
NC_000015.9 CYP19A1 -1.69e-01 1.04e-10 2.58e-07
NC_000003.11 AMIGO3 2.30e-01 1.10e-10 2.70e-07
NC_000011.9 NPAS4 1.61e-01 1.17e-10 2.84e-07
NC_000019.9 CPT1C 1.81e-01 1.19e-10 2.85e-07
NC_000006.11 DOM3Z 9.34e-02 1.19e-10 2.85e-07
NC_000007.13 HOXA2 -1.07e-01 1.21e-10 2.88e-07
NC_000008.10 C8ORFK29 1.90e-01 1.24e-10 2.94e-07
NC_000017.10 CD300LB 1.48e-01 1.30e-10 3.05e-07
NC_000016.9 IFT140 -1.87e-01 1.35e-10 3.15e-07
NC_000016.9 CSDAP1 1.59e-01 1.36e-10 3.15e-07
NC_000002.11 EMILIN1 1.10e-01 1.36e-10 3.15e-07
NC_000004.11 HHIP 1.82e-01 1.37e-10 3.16e-07
NC_000009.11 KIAA1161 2.08e-01 1.43e-10 3.23e-07
NC_000017.10 LOC404266 1.83e-01 1.44e-10 3.23e-07
NC_000005.9 PFN3 3.70e-01 1.45e-10 3.24e-07
NC_000011.9 CUGBP1 1.06e-01 1.48e-10 3.30e-07
NC_000001.10 MAP3K6 3.05e-01 1.52e-10 3.36e-07
NC_000019.9 KPTN 1.23e-01 1.53e-10 3.37e-07
NC_000008.10 GLI4 2.14e-01 1.57e-10 3.44e-07
NC_000006.11 SLC44A4 1.11e-01 1.61e-10 3.49e-07
NC_000006.11 NKAPL 1.75e-01 1.64e-10 3.53e-07
NC_000017.10 CCDC144A 1.84e-01 1.64e-10 3.53e-07
NC_000010.10 GJD4 1.44e-01 1.65e-10 3.53e-07
NC_000002.11 TMEM37 -1.43e-01 1.67e-10 3.54e-07
NC_000015.9 GABRA5 -1.20e-01 1.73e-10 3.65e-07
NC_000001.10 MAP3K6 1.75e-01 1.74e-10 3.65e-07
NC_000020.10 SLC4A11 1.65e-01 1.84e-10 3.84e-07
NC_000018.9 C18orf26 -1.89e-01 1.88e-10 3.89e-07
NC_000009.11 CLIC3 1.43e-01 1.90e-10 3.90e-07
NC_000010.10 FBXL15 1.81e-01 1.92e-10 3.93e-07
NC_000002.11 SPEG 9.20e-02 1.94e-10 3.95e-07
NC_000017.10 MIR497 -1.36e-01 1.97e-10 3.98e-07
NC_000005.9 CPLX2 9.70e-02 2.02e-10 4.06e-07
NC_000005.9 PFN3 3.74e-01 2.05e-10 4.09e-07
NC_000008.10 LRRC14 2.21e-01 2.07e-10 4.10e-07
NC_000009.11 WNK2 1.27e-01 2.08e-10 4.10e-07
NC_000011.9 PDHX 1.76e-01 2.13e-10 4.19e-07
NC_000001.10 MIB2 1.80e-01 2.15e-10 4.21e-07
NC_000005.9 BHMT2 -1.09e-01 2.17e-10 4.22e-07
NC_000001.10 MIB2 2.27e-01 2.18e-10 4.22e-07
NC_000019.9 MZF1 1.32e-01 2.25e-10 4.33e-07
NC_000019.9 PRX 2.64e-01 2.26e-10 4.33e-07
NC_000001.10 TFAP2E 1.74e-01 2.31e-10 4.38e-07
NC_000014.8 SLC7A8 -7.68e-02 2.35e-10 4.41e-07
NC_000002.11 ACMSD -1.59e-01 2.41e-10 4.50e-07
NC_000011.9 VSIG2 -2.05e-01 2.47e-10 4.57e-07
NC_000001.10 C1orf113 2.21e-01 2.47e-10 4.57e-07
NC_000001.10 C4BPA 1.27e-01 2.54e-10 4.65e-07
NC_000013.10 GPC6 -2.15e-01 2.56e-10 4.66e-07
NC_000016.9 IFT140 -1.25e-01 2.61e-10 4.73e-07
NC_000018.9 KCTD1 1.22e-01 2.74e-10 4.94e-07
NC_000010.10 C10orf96 1.40e-01 2.77e-10 4.97e-07
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NC_000019.9 C19orf76 2.11e-01 2.89e-10 5.14e-07
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NC_000003.11 SNORA6 -7.93e-02 1.19e-05 9.67e-04
NC_000013.10 MCF2L -9.53e-02 1.19e-05 9.68e-04
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NC_000022.10 BIK 9.09e-02 1.19e-05 9.68e-04
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